第3條本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設各課室及水庫（壩、堰）管理中心如下：一、水文課。二、計畫課。三、工務課。四、品管課。五、資產課。六、經管課。七、養護課。八、鯉魚潭水庫管理中心。九、石岡壩管理中心。十、集集攔河堰管理中心。十一、湖山水庫管理中心。十二、秘書室。十三、人事室。十四、會計室。十五、政風室。