學校法人在二個以上直轄市、縣（市）設立私立學校，或所設為私立專科以上學校，或為私立高級中等學校而其所在地為縣（市）者，以教育部為法人主管機關；其他學校法人以所設私立學校所在地之直轄市、縣（市）政府為法人主管機關。
學校法人所設私立學校之主管機關，依各級各類學校法律之規定。