違反第十條及第十一條規定者，由海關依本法第八十五條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下裝運貨物或廢止其登記。
前項不符登記規定之保稅運貨工具，經改正完成後，俟申請複驗合格，始准使用。