保稅運貨工具所有人違反第八條第二項補繳保證金差額規定者，由海關依本法第八十五條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下裝運貨物或廢止其登記。
保稅運貨工具所有人未依第二十三條第二項規定補足保證金差額者，海關得依本法第九十三條第二項規定，停止其六個月以下業務之經營或廢止其登記。