凡繳入國庫存款戶之收入款項，經原收入機關發現有錯或依據法令規定，應予退還全部或一部者，其處理程序如下：一、由收入機關填具收入退還書將退還款項轉入該收入機關所開立之機關專戶，或轉列其國庫存款戶經費類保管款及代收款收入科目項下。
二、收入機關將退還款項轉入其機關專戶者，應填具機關專戶存款收款書，併收入退還書送代庫機構辦理轉帳，並簽發專戶存款支票交付原繳款人，或直接撥存原繳款人指定之帳戶。
三、收入機關將退還款項轉列國庫存款戶經費類保管款及代收款收入科目者，應填具國庫繳款書，併收入退還書送代庫機構辦理轉帳，並簽開付款憑單送財政部國庫署簽發國庫支票交付原繳款人，或匯存原繳款人指定之帳戶。
前項第三款辦理收入退還作業，得運用網路採電子簽章方式，將繳款書及收入退還書傳送財政部國庫署辦理轉帳。
收入機關應將機關長官或其授權代簽人員之印鑑卡，送辦理退款之代庫機構，以備查驗，更換時亦同。
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