第6條業務二組掌理事項如下：一、保稅貨物與新竹科學工業園區進出園區貨物及郵遞貨物之通關。二、報單審核及報單副本之核發。三、報關業、運輸業、承攬業及貨棧業之設立、變更登記及管理。四、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店設立、變更登記之處理。五、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店、自由貿易港區與科學工業園區事業之監管、貨物查核及帳冊管理。六、優質企業之認證、驗證及管理。七、侵害智慧財產權案件之處理。八、違章及行政救濟案件之處理。九、其他有關保稅及新竹科學工業園區通關事項。