申請認證查核程序如下：
一、完成列管軍品廠商資格級別評鑑之廠商，應於接獲國防部通知之日起十日內，填具執行國防事務人員查核名冊（如附表四），並檢附列冊人員之國民身分證影本與警察刑事紀錄證明書、非陸資廠商及安全查核切結書（如附表五）及依附表一至附表三完成自我檢視結果，送交政戰局實施書面審查。
檢附文件、資料未備齊者，應於接獲通知後七日內補正；屆期未補正，視為未符合安全查核基準。
二、政戰局完成書面審查後，得至廠商執行國防事務相關主要或其分支營業所、廠房、辦公室或軟硬體設備（施）所在地，實施現地訪查或其他必要查察；廠商規避、妨礙或拒絕者，視為未符合安全查核基準。
政戰局依前項所定程序完成查核後，應依查核結果表（如附表六）彙整判定查核結果，填載安全查核結果通知書（如附表七），報國防部續辦核發合格證明之審查，並建立檔案列管。