本院應依本條例第二十條第二項之指導，每四年訂定十年期國防科技發展構想與每年訂定五年期國防科技研究、應用及產製計畫，並報請國防部核定。
本院應訂定年度營運（業務）計畫及其預算，提經董事會通過後，報請國防部備查。