依本法所定有關近岸海域違法行為之取締、蒐證、移送等事項，由海岸巡防機關辦理；主管機關仍應運用必要設施或措施主動辦理。
主管機關及海岸巡防機關就前項及本法所定事項，得要求軍事、海關、港務、水利、環境保護、生態保育、漁業養護或其他目的事業主管機關協助辦理。