受益人對應納之工程受益費有異議時，應於收到繳納通知後，按照通知單所列數額及規定期限，先行繳納二分之一款項，申請復查；對復查之核定仍有不服，得依法提起訴願及行政訴訟。
經訴願、再訴願、行政訴訟程序確定應繳納之工程受益費數額高於已繳數額時，應予補足；低於已繳數額時，其溢繳部分應予退還，並均按銀行定期存款利率加計利息。