安檢保防科掌理事項如下：一、海運進口貨櫃落地檢查工作之規劃、執行與督導、貨櫃檢查裝備器材之購置、維修、保養及使用教育訓練。
二、機動式海運貨櫃檢查儀、輻射防護、貨櫃安檢相關事業單位之聯繫、訪查與座談之規劃、執行及督導。
三、安檢情蒐工作、獎勵金、工作費、安檢緝私與密告獎金之規劃、執行及督導。
四、配合聯合查贓專案工作、舊機動車輛與引擎輸出查證作業之規劃、執行及督導。
五、保防工作與保防教育之規劃、執行及督導。
六、機關安全防護與公務機密維護之規劃、執行及督導。
七、員警（工）忠誠查核工作、新進人員安全查核事項之執行與資料管理及運用。
八、諮詢工作與治安情報資料蒐集之規劃、執行及督導。
九、行動蒐證之訓練、勤務派遣及處理。
十、其他有關安檢及保防事項。
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