本署設下列內部單位，並得分科辦事：
一、業務單位：行政組、保安組、教育組、國際組、交通組、後勤組、保防組、防治組及勤務指揮中心。
二、輔助單位：督察室、公共關係室、秘書室、人事室、政風室、會計室、統計室、資訊室及法制室。