本細則依智慧財產案件審理法（以下簡稱本法）第三十八條規定訂定之。
本法施行前已繫屬於地方法院第一審簡易訴訟程序或第一審小額訴訟程序之智慧財產民事事件，於本法施行後，應裁定改依通常訴訟程序，並由原法官繼續審理。
本法施行前已繫屬於地方法院第二審簡易訴訟程序或第二審小額訴訟程序之智慧財產民事事件，於本法施行後，原法院應依本法所定第二審程序終結之。
本法施行前已繫屬於地方法院第一審簡易訴訟程序或第一審小額訴訟程序之智慧財產民事事件，裁判後經上訴或抗告，於本法施行後，其卷宗尚未送達上訴或抗告法院者，應送第二審智慧財產法院。
本法施行前第一審法院就應適用簡易訴訟程序之智慧財產民事事件，誤行通常訴訟程序者，經上訴或抗告，其卷宗已送達上訴或抗告法院者，於本法施行後，第二審法院應依本法所定第二審程序終結之。
本法修正施行前已繫屬於智慧財產法院第一審簡易訴訟程序之智慧財產行政訴訟事件，於本法修正施行後，應裁定改依通常訴訟程序，並由原法官繼續審理。
本法修正施行前，智慧財產法院已終結之智慧財產行政訴訟簡易事件，其上訴、抗告，由最高行政法院依修正前智慧財產案件審理法、行政訴訟法之規定審理。
本法修正施行前已繫屬於最高行政法院之智慧財產行政訴訟簡易事件之上訴或抗告事件，亦同。
本法施行前已繫屬於最高法院或最高行政法院之智慧財產民事或行政訴訟事件，或本法施行後不服高等法院或高等行政法院裁判之智慧財產民事及行政訴訟事件，經最高法院或最高行政法院廢棄者，除由各該終審法院自為裁判者外，應發交智慧財產法院。
本法施行前已繫屬於最高法院之智慧財產刑事案件，或本法施行後不服高等法院裁判之刑事案件，經最高法院撤銷者，除由最高法院自為裁判者外，應發交智慧財產法院或依刑事訴訟法第三百九十九條但書規定逕行發交第一審法院裁判。
本法施行前已核准之假扣押、假處分及定暫時狀態處分之裁定，其聲請撤銷，於起訴前向原裁定法院為之；如本案已繫屬於智慧財產法院，向智慧財產法院為之，並適用民事訴訟法規定。
本法施行前繫屬於法院之智慧財產民事訴訟，因當事人主張或抗辯智慧財產權有應撤銷或廢止之原因，經法院依行政訴訟法、商標法、專利法、植物品種及種苗法或其他法律之規定，裁定停止訴訟程序者，應依聲請或依職權撤銷停止訴訟之裁定，依本法所定之程序，續行訴訟。
本法施行前繫屬於法院之智慧財產刑事訴訟，因當事人主張或抗辯智慧財產權有應撤銷或廢止之原因，經法院依行政訴訟法、商標法、專利法、植物品種及種苗法或其他法律之規定，裁定停止訴訟程序者，其停止審判原因消滅。
本細則自本法施行之日施行。
本細則中華民國一百零一年五月二十二日修正條文，自一百零一年九月六日施行。