本辦法依游離輻射防護法(以下簡稱本法)第五十四條規定訂定之。
軍事機關之放射性物質、可發生游離輻射設備及其輻射作業之輻射防護及管制，其權責、申辦、申報、查核及調查之程序，應依本辦法之規定辦理。
本辦法用詞定義如下：一、主管機關：指行政院原子能委員會。
二、軍事機關：指國防部及其所屬機關、部隊。
三、運作單位：指軍事機關從事放射性物質或可發生游離輻射設備之各項輻射作業單位。
軍事機關之放射性物質、可發生游離輻射設備及其輻射作業之輻射防護及管制，其權責如下：一、國防部：放射性物質、可發生游離輻射設備與其輻射作業之輻射防護管理政策、法規訂定及督導執行。
二、國防部陸軍司令部、國防部海軍司令部、國防部空軍司令部、國防部聯合後勤司令部、國防部後備司令部、國防部憲兵司令部（以下簡稱各司令部）、國防部軍備局生產製造中心（以下簡稱軍備局生產製造中心）、國防部軍備局中山科學研究院（以下簡稱軍備局中科院）與國防大學、國防醫學院及國防部其他直屬單位：（一）輻射防護計畫之訂定及督導執行，並協助主管機關調查處理意外事件。
（二）督導所屬運作單位執行輻射防護計畫與訂定及執行輻射作業程序書。
（三）負責所屬運作單位放射性物質或可發生游離輻射設備之料帳管理、清查與管制。
（四）每半年彙整所屬運作單位放射性物質、可發生游離輻射設備及其輻射作業之料帳現況、異動狀況及生產紀錄。
三、運作單位：輻射防護計畫之執行及輻射作業程序書之訂定與執行。
國防部其他直屬單位之前項第二款業務管制權責，非醫用部分由國防部作戰及計畫參謀次長室綜理之，裝備帳籍管理由國防部後勤參謀次長室協辦，高科技軍品管制由國防部軍備局協辦；醫用部分由國防部軍醫局綜理之。
國防部、各司令部、軍備局生產製造中心、軍備局中科院、國防大學或國防醫學院從事放射性物質或可發生游離輻射設備之各項輻射作業，應向主管機關申辦許可或登記備查。
並應於申辦及領得主管機關核發之許可、許可證或登記證明文件時，副本陳報國防部列管。
國防部、各司令部、軍備局生產製造中心、軍備局中科院、國防大學或國防醫學院應於每年一月一日至十五日及七月一日至十五日之期間內，將放射性物質、可發生游離輻射設備及其輻射作業之料帳現況、異動狀況及生產紀錄，陳報國防部列管。
主管機關依本法及相關法令，派員至軍事機關檢查、調查其放射性物質或可發生游離輻射設備之輻射作業時，國防部、各司令部、軍備局生產製造中心、軍備局中科院、國防大學或國防醫學院應派員陪同，並知會運作單位。
軍事機關所設之民眾診療機構，得逕向主管機關申辦許可或登記備查，不適用前三條之規定。