本辦法依據信用合作社資金轉存及融通辦法第九條規定訂定之。
輔導信用合作社之工作目標在於促進其健全經營，藉由輔導各項經營管理制度及改進業務缺失，以保障存款人權益。
信用合作社之輔導，除由主管機關本於職掌辦理者外，有關業務輔導部分，由財政部、直轄市政府財政局分別委託臺灣省合作金庫負責辦理。
但金門縣信用合作社之業務輔導，由財政部另行委託之金融機構辦理。
受委託輔導機構辦理輔導工作，得洽請縣、市政府(直轄市為財政局)會同辦理。
輔導機關(構)輔導信用合作社業務經營之工作項目如下：一、輔導釐定業務規章，建立各項經營管理制度及成本觀念。
二、輔導依信用合作社統一會計制度處理會計帳務及編製各項表報。
三、輔導建立內部控制制度，並落實遵守法令主管制度之執行。
四、輔導依規定提繳存款準備金及流動準備。
五、輔導辦理餘裕資金之轉存事宜。
六、輔導辦理代理票據交換及通匯業務。
七、輔導代理公庫及代理收付款項業務。
八、輔導改善金融業務檢查缺失，並視業務經營狀況成立專案輔導小組，辦理專案輔導。
九、輔導員工訓練及新種業務之辦理。
十、受理相關法令之諮詢服務。
十一、輔導逾期放款及催收款之清理。
十二、其他經財政部指定之輔導事項。
受委託輔導機構於辦理信用合作社輔導工作，發現有不符規定情事，經追蹤輔導仍未改善者，應報請縣、市政府(直轄市為財政局)處理，並副知財政部、中央銀行及中央存款保險公司。
縣、市政府(直轄市為財政局)經評估信用合作社之業務經營有損及社員及存款人權益之虞時，專案輔導小組應即派員列席信用合作社理事會及授信審議委員會，並促請研提自救或合併方案，報經縣、市政府(直轄市為財政局)研提處理意見後，函報財政部處理，並副知中央銀行及中央存款保險公司。
信用合作社之業務經營，如遇有重大偶發事件，輔導機關(構)應即協助處理。
其情節重大或違反法令規定事項者，縣、市政府(直轄市為財政局)應即擬具處理意見函報財政部處理，並副知中央銀行及中央存款保險公司。
輔導機關(構)辦理信用合作社輔導工作，如需查閱或索取有關憑證表報資料，信用合作社應配合辦理。
前項有關資料，輔導機關(構)除提供主管機關或中央銀行及中央存款保險公司外，應保守機密。
縣、市政府(直轄市為財政局)應按季將專案輔導報告，函報財政部備查，並副知中央銀行及中央存款保險公司。