本辦法依文化資產保存法（以下簡稱本法）第四十六條第五項規定訂定之。
直轄市、縣（市）主管機關於下列情形之一，得進行考古遺址指定之審查：一、經由普查或接受個人、團體提報具考古遺址價值，並列冊追蹤者。
二、營建工程或其他開發行為進行中，發現疑似考古遺址者。
三、政府機關策定重大營建工程計畫辦理調查時，發現疑似考古遺址者。
四、主管機關認有必要者。
中央主管機關得就已指定之直轄市定、縣（市）定考古遺址或接受各級主管機關、個人、團體提報已指定之直轄市定、縣（市）定考古遺址，進行國定考古遺址指定之審查。
各級主管機關、個人、團體依本法第四十六條第三項規定提報時，應檢具提報表與認定具備第三條第二項指定基準之說明及評估理由，向中央主管機關提出。
直轄市定、縣（市）定考古遺址之指定，應符合下列各款基準：一、考古遺址在文化發展脈絡中之定位及意義性。
二、考古遺址在學術研究史上之意義性。
三、考古遺址文化堆積內涵之特殊性及豐富性。
四、同類型考古遺址數量之稀有性。
五、考古遺址保存狀況之完整性。
六、考古遺址供展示教育規劃之適當性。
七、具其他考古遺址價值者。
國定考古遺址之指定，除依前項基準外，並應具全國代表性及價值。
主管機關為考古遺址之指定，依下列程序為之：一、現場勘查。
二、經審議會審議通過。
三、作成指定處分，辦理公告，並通知處分相對人。
主管機關於審議會審議前，得召開公聽會或說明會。
直轄市、縣（市）主管機關指定後，應報中央主管機關備查。
主管機關辦理前條第一項第三款公告，應載明下列事項：一、名稱、種類、位置或地址。
二、考古遺址所定著土地之範圍。
三、指定理由及法令依據。
四、公告日期及文號。
第一項公告，應揭示於主管機關公布欄三十日，並刊登政府公報、新聞紙或資訊網路。
直轄市、縣（市）主管機關辦理第四條第三項函報備查，應具備下列資料：一、公告及考古遺址清冊。
二、現場勘查紀錄。
三、審議會會議紀錄及本法施行細則第十四條第二項、第三項規定之評估報告。
四、其他相關資料。
前項第一款之考古遺址清冊，應載明下列事項，並附圖片電子檔：一、名稱、種類、位置或地址。
二、考古遺址所定著土地之範圍。
三、指定理由及其法令依據。
四、公告日期及文號。
五、考古遺址所定著土地之所有人、使用人或管理人之基本資料。
六、考古遺址之文化意義及歷史沿革。
七、考古遺址之現狀、特徵及使用情形。
八、土地使用分區或編定使用地類別、附近景觀及使用狀況。
九、其他相關事項。
考古遺址指定之廢止，應符合下列基準之一：一、考古遺址因自然或人為因素，其保存狀況極度惡化，造成文化堆積內涵價值之減損或滅失。
二、因考古遺址增加或其他因素，改變其在文化發展脈絡之定位並造成意義、價值之減損或滅失。
三、因涉及國防安全或國家重大建設須改變其維護方式。
前條之廢止程序，由主管機關依指定程序辦理；其為直轄市定、縣（市）定者，應報中央主管機關核定後，始得辦理公告。
直轄市定、縣（市）定考古遺址，經中央主管機關指定為國定考古遺址者，直轄市、縣（市）主管機關應逕就國定考古遺址部分，廢止其原有之指定處分，並於辦理公告後，送中央主管機關備查。