本辦法依廢棄物清理法（以下簡稱本法）第六十三條之一第三項規定訂定之。
依本法裁處罰鍰，裁處額度已達法定罰鍰最高額，行為人違法所得之利益超過法定罰鍰最高額者，裁處機關得於所得利益之範圍內酌量加重裁處，不受法定罰鍰最高額之限制。
本辦法所稱消極利益，指因違反本法義務應支出而未支出或節省費用減少支出之所得利益。
前項消極利益，分為下列三類：一、資本投資支出成本，指所有為符合本法義務所應投資資本設備之支出費用。
二、一次性支出成本，指一次且非折舊性之支出費用。
三、經常性支出成本，指符合本法義務所需相關設備（施）操作維護及管理費用之支出，或其他經裁處機關認定之相關經常性支出成本費用。
本辦法所稱積極利益，指因違反本法義務而獲有財產上收入增加利益之營業淨利、對價或報酬。
前項積極利益類型，包括違反本法義務行為期間所產生之營業淨利、對價或報酬，且與違反本法義務有關者。
第一項所稱營業淨利，指營業收入扣除營業成本、管理及事務費用之獲利。
裁處機關計算所得利益總和，應分別計算第三條第二項及前條第二項所列項目金額，並加計利息後予以加總。
但應扣除受有利益人已先支出之成本及必要費用。
有重複計算之費用成本等項目時，僅就其所得利益較大者，予以計算。
前項所得利益總和計算公式如下：所得利益總和＝Σ﹝年度所得利益i＋利息i﹞一、年度所得利益i＝積極利益i＋消極利益i二、利息i＝年度所得利益i×利率i×所得利益計算期間之年數（一）i：獲有利益年度。
（二）利率：依所得利益產生各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率為據。
前項利息之計算期間，自認定其違反本法規定之日起，至所得利益計算期間之停止日止，所得利益計算期間之年數計算，取至小數點第一位後無條件捨去。
所得利益總和之計算取至新臺幣元，小數點後無條件捨去。
本辦法所稱受有利益人，指因違反本法義務受有所得利益之行為人。
所得利益計算期間之起算日，以認定其違反本法規定之日為起算日。
停止日依下列規定辦理：一、經裁處機關命採取必要措施、限期改善者，自命其採取必要措施、改善之日起為停止日。
二、經裁處機關、目的事業主管機關命停工（業）、歇業者，自命其停工（業）、歇業之日為停止日。
三、自報停工（業），經裁處機關查證屬實者，自其自報停工（業）之日為停止日。
經裁處機關查驗認定未依規定完成改善、停工（業）、歇業者，應就前項停止日至裁處機關查驗認定實際已完成改善、停工（業）、歇業之日期間另行計算所得利益總和。
本辦法計算所得利益，得引用之數據及資料來源如下：一、符合中央主管機關或目的事業主管機關規定之許可、申報、監（檢）測、查證資料。
二、裁處機關查證結果或有積極利益者所提供並經裁處機關查證之進貨、生產、銷貨、存貨憑證、帳冊、報表、報酬及其他產銷營運或輸出入之相關資料。
三、有消極利益者所提供並經裁處機關查證之相關資料。
四、財政部稅務行業標準分類暨同業利潤標準。
五、相關政府出版品。
六、其他經裁處機關認可之替代計算數據、資料。
裁處機關辦理受有利益人所得利益認定及核算事宜，得要求受有利益人或相關機關（構）提供有關資料。
受有利益人未依前項規定提供有關資料，裁處機關得逕行估算認定所得利益。
裁處機關得委託專業機構、團體或技師執行所得利益之認定核算，必要時，得邀請專家學者協助。
裁處機關對所得利益之認定及核算，為有效達成行政目的，並解決爭執，有下列情形之一者，得於無礙公益維護前提下，與受有利益人進行協談：一、裁處機關對於所得利益之認定與核算，所依據之查證資料，經職權調查相對可得確定。
二、受有利益人與裁處機關對所得利益認定上有爭議。
三、受有利益人受有罰金、罰鍰或行政處分等營業外損失，減少實際利益。
四、受有利益人對違反本法義務所造成之環境污染或破壞進行善後清理或環境改善。
受有利益人依前項規定與裁處機關進行協談者，應檢具營利事業所得稅結算申報書、會計師簽證之查核報告書或當年度新設立公司自編之財務報表、營業外損失文件單據、廢棄物清理計畫或其他佐證資料。
裁處機關與受有利益人進行協談時，應檢視受有利益人所附佐證資料之真實性與正確性，並考量確認所得利益所需成本，評估協談要件及內容，必要時，得召開會議，邀集專家學者共同參與。
協談結果，應作成紀錄。
裁處機關得審酌參考協談結果，作成行政處分進行裁處。