第一章總則
本辦法依食品安全衛生管理法（以下簡稱本法）第三十三條第三項規定訂定之。
本辦法用詞，定義如下：一、報驗義務人：指輸入食品、食品添加物、食品器具、食品包裝或食品用洗潔劑等相關產品（以下簡稱產品）之業者。
二、查驗機關：指中央主管機關或其委任、委託之機關（構）、法人或團體。
三、查核：指由查驗人員核對產品品名、規格、包裝，並就其外觀、性狀、標示及其他符合法令規定之檢查。
四、檢驗：指由查驗人員抽取樣品送交實驗室，進行感官、化學、生物或物理性之檢查及化驗。
第二章申請查驗
報驗義務人或其代理人於產品到達港埠前十五日內，向輸入港埠所在地之查驗機關申請查驗。
前項查驗申請由代理人為之者，應檢具委託代理文件；代理人為個人者，並應檢具身分證明文件；以代理申請查驗及申報為業務之事業者，並應檢具報關（驗）業務證照、公司或商號登記證明文件。
報驗義務人應檢具下列文件、資料，向查驗機關申請查驗：一、查驗申請書。
二、產品資料表。
三、進口報單影本。
四、衛生福利部食品藥物管理署（以下簡稱食品藥物署）指定之文件、資料。
查驗機關得依本法第三十二條規定，要求報驗義務人提供前項以外之其他必要文件、資料，報驗義務人不得規避、妨礙或拒絕。
第一項申請查驗，得以食品藥物署指定之電子或其他方式為之。
報驗義務人申請查驗之同批產品，其進口報單、貨品分類號列、品名、成分、廠牌、製造廠及產地，均應相同。
輸入產品屬活、生鮮或冷藏魚、蝦、蟹、貝及軟體類四大類別之同一類別者，得併成一批申請查驗。
查驗機關對報驗義務人有下列情事之一者，不受理其查驗之申請：一、未依第四條或前條規定申請查驗。
二、查驗申請書、產品資料表或其他相關事項不完整，經查驗機關通知限期補正，屆期未補正。
三、前條同批產品經依第八條第一項第二款規定抽中查驗者，重複申請查驗。
第三章查驗程序
查驗機關對輸入之產品實施查驗，得就下列方式擇一或合併為之：一、逐批查驗：對申請查驗之每批次產品，予以臨場查核及抽樣檢驗。
二、抽批查驗：對申請查驗之產品，依下列抽驗率執行抽批；經抽中者，予以臨場查核及抽樣檢驗：（一）一般抽批查驗：抽驗率為百分之二至百分之十。
（二）加強抽批查驗：抽驗率為百分之二十至百分之五十。
三、逐批查核：對申請查驗之每批次產品，均予以臨場查核。
四、驗證查驗：經中央主管機關與輸出國輸出產品之衛生安全管制主管機關簽訂協定或協約所定之合格驗證廠商，以該廠商檢具符合協定或協約規定之證明文件所為之查驗。
五、監視查驗：對申請查驗之特定產品，每批次予以臨場查核及抽樣檢驗，並不受查驗結果而調降其查驗方式之限制。
查驗機關基於衛生安全考量，對於抽批查驗未抽中者，得予以臨場查核或抽樣檢驗；對於逐批查核者，得予以抽樣檢驗。
輸入產品有下列情形之一者，採逐批查驗：一、依國內外產品衛生安全資訊或科學證據，對人體有危害之虞。
二、依食品藥物署所定產品年度查驗計畫（以下簡稱查驗計畫）列為逐批查驗。
三、報驗義務人前一批為加強抽批查驗之同產地、同貨品分類號列產品，檢驗結果不符合規定。
四、採監視查驗之產品，連續二批檢驗不符合規定。
五、查驗機關認有必要予以逐批查驗。
逐批查驗產品未完成查驗程序前，再申請查驗之產品，仍依逐批查驗方式執行。
輸入產品有下列情形之一者，採加強抽批查驗：一、依查驗計畫列為加強抽批查驗。
二、原屬逐批查驗之申請查驗產品，同一報驗義務人連續輸入五批同產地、同貨品分類號列產品，皆經檢驗符合規定。
但該同一報驗義務人連續輸入五批符合規定產品之前一批為檢驗不合格產品，則連續輸入五批合格產品之數量應達該前一批不合格產品之三倍量。
三、報驗義務人前一批為一般抽批查驗之同產地、同貨品分類號列產品，檢驗結果不符合規定。
四、查驗機關認有必要予以加強抽批查驗。
原採逐批查驗產品，查驗機關基於衛生安全考量，得不適用前項第二款規定。
輸入產品有下列情形之一者，採一般抽批查驗：一、非採逐批查驗、加強抽批查驗、驗證查驗或監視查驗之產品。
二、原屬加強抽批查驗之申請查驗產品，同一報驗義務人連續輸入五批同產地、同貨品分類號列產品，經檢驗符合規定。
但該同一報驗義務人連續輸入五批符合規定產品之前一批為檢驗不合格產品，則連續輸入五批合格產品之數量應達該前一批不合格產品之三倍量。
原採加強抽批查驗產品，查驗機關基於衛生安全考量，得不適用前項第二款規定。
報驗義務人輸入產品經臨場查核結果不符合規定，再次輸入同產地、同貨品分類號列產品，經第八條第一項第二款抽批查驗為未抽中者，採逐批查核。
前項逐批查核，同一報驗義務人連續輸入三批符合規定產品，該總數量達前一批不符合規定產品之二倍量者，免除逐批查核。
查驗機關基於衛生安全考量認為有必要者，得針對特定產品採監視查驗。
第四章績優廠商之優惠措施
報驗義務人具有下列情形之一者，其輸入之產品，得以一般抽批查驗之最低抽驗率為之：。
一、向食品藥物署提出輸入產品品管計畫，經核准同意錄案，且一年內採一般抽批查驗，連續十批檢驗符合規定。
二、輸入產品於一年內採一般抽批查驗，連續二十批檢驗符合規定。
三、輸入產品於二年內採一般抽批查驗，連續三十批檢驗符合規定。
前項採一般抽批查驗最低抽驗率產品，經邊境或巿售抽樣檢驗不符合規定者，停止適用前項優惠措施。
符合前條第一項第一款規定，且自採一般抽批最低抽驗率之日起二年內查驗結果均符合規定者，得僅就第四條規定之文件進行審查。
查驗機關對前項產品，必要時仍得予以臨場查核或抽樣檢驗；查驗結果不符合規定者，停止適用前條及前項優惠措施。
第五章查驗作業
查驗機關辦理查驗所需樣品，以無償方式取得，其數量以足供檢驗所需者為限。
抽取樣品，應開具取樣憑單予報驗義務人。
查驗之查核、抽樣，於產品存置處所實施。
產品由整櫃貨櫃裝運者，應於集中查驗區或經食品藥物署認可之特定區域實施；其單一貨櫃抽樣耗時長久或有其他困難者，並得要求拆櫃進倉為之。
前項查驗，報驗義務人應予配合，且不得指定抽樣之樣品。
輸入產品之檢驗，以抽樣先後順序為之。
但依本法規定申請複驗者，查驗機關應提前檢驗。
第六章具結先行放行
查驗機關對於檢驗時間超過五日、在貨櫃場抽樣困難、容易腐敗或變質，或以貨船直接裝載且碼頭無貯存處之產品，得於報驗義務人具結表明負保管責任後，簽發放行通知，供其辦理先行通關。
採逐批查驗之產品，除屬容易腐敗或變質之第十條第二項產品外，應暫行留置海關管理之貨棧或貨櫃集散站，不適用前項規定。
輸入產品申報或標示為有機農產品，其符合本法及相關法規規定者，於取得中央農業主管機關核發有機標示同意文件前，查驗機關得於報驗義務人具結表明負保管責任後，簽發放行通知，供其辦理先行通關。
查驗機關審查報驗義務人輸入之產品有下列情形之一，且屬前二條規定者，應令其繳納保證金後，始准予具結先行放行：一、採逐批查驗。
二、採加強抽批查驗。
三、採監視查驗，期間內檢驗結果不符合規定。
四、查驗機關同意具結先行放行後，因可歸責於報驗義務人，自同意放行之日起逾九十日尚未完成查驗程序，再次申請具結先行放行。
前項第一款保證金金額為產品完稅價格之四倍，第二款至第四款為產品完稅價格之二倍。
報驗義務人依前條規定繳納保證金，應以金融機構簽發之本票、支票或郵政匯票為之。
有下列情形之一，且無本法第五十一條第三款情事者，前項保證金應予退還：一、產品經查驗符合規定，並取得輸入許可通知。
二、產品經查驗不符合規定，並依第二十四條規定辦理。
第七章發證
輸入產品經查驗符合規定者，查驗機關核發輸入許可通知予報驗義務人；報驗義務人亦得向查驗機關申請核發書面之輸入許可通知。
報驗義務人應自收受許可通知之次日起十五日內，憑取樣憑單領取餘存樣品。
屆期未領取或樣品之性質不適合久存者，由查驗機關逕行處置。
輸入產品經查驗不符合規定者，查驗機關應核發查驗不符合通知書予報驗義務人。
報驗義務人於收受前項通知之日起十五日內，得向查驗機關申請複驗，以一次為限，並由原檢驗實驗室就原抽取之餘存樣品為之。
輸入產品經依前項查驗不符合規定者，除法令另有規定者外，其餘存之樣品，於申請複驗之期限屆至後，應予銷毀。
輸入產品查驗不符合規定者，除法令另有規定者外，由報驗義務人依下列方式之一處置：一、辦理退運或銷毀。
二、不符合本法第十七條、第十八條，或違反本法第二十一條第一項規定者，得向食品藥物署申請限期消毒、改製或採行適當安全措施。
三、標示違反本法第二十二條、第二十四條、第二十六條、第二十七條或第二十八條第一項規定者，得向食品藥物署申請限期改正。
報驗義務人依前項第二款或第三款處置產品，經食品藥物署審查同意者，得輸入該產品後，再行消毒、改製、採行適當安全措施或改正標示。
輸入產品經查驗不符合規定，其已具結先行放行者，報驗義務人亦應依第一項規定辦理。
第八章其他查驗規定
同一報驗義務人輸入同產地、同貨品分類號列產品，自核發查驗不符合通知書之日起六個月內，檢驗不符合規定達二批，食品藥物署得要求報驗義務人限期提供書面資料，說明不符合原因之改善或預防措施。
同產地、同貨品分類號列產品，自核發查驗不符合通知書之日起六個月內，檢驗不符合規定達三批，食品藥物署得要求輸出國（地區）政府限期提供書面資料，說明不符合原因之改善或預防措施。
報驗義務人或輸出國（地區）政府未於前條之期限內提供書面資料，或於收受前條通知後，再次申請查驗之產品，經檢驗仍不符合規定者，食品藥物署得針對相關業者、產地之產品，暫停受理查驗。
第九章附則
查驗人員依本辦法執行查驗之外勤業務時，應配帶身分證明文件。
本辦法中華民國一百零七年十月十八日修正施行前，已依第五條規定取得之輸入產品資訊預先申報同意文件，於其有效期間內，仍得使用；期間屆滿後失效。
本辦法除中華民國一百零三年一月二十七日修正發布之第二十條及第二十一條自一百零三年六月十九日施行者外，自發布日施行。