為促進醫療事業發展、提升醫療品質與效率及均衡醫療資源，特依醫療法第九十二條規定，設置醫療發展基金(以下簡稱本基金)，並依同條及預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，隸屬於衛生福利特別收入基金項下，編製附屬單位預算之分預算，以衛生福利部為管理機關。
本基金之來源如下：一、由政府循預算程序之撥款。
二、菸品健康福利捐分配收入。
三、受贈收入。
四、本基金之孳息收入。
五、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、促進醫療事業發展之獎勵。
二、提升預防醫學與臨床醫學醫療服務品質及效率之獎勵。
三、為均衡醫療資源，辦理山地離島、偏遠地區及其他醫療資源缺乏地區之獎勵。
四、管理及總務支出。
五、其他有關支出。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
本辦法自發布日施行。
但中華民國一百零六年六月二十八日修正發布之條文，自一百零六年一月一日施行。