本辦法依農藥管理法（以下簡稱本法）第二十四條第三項規定訂定之。
本辦法所稱特定用途農藥，指本法第二十四條第一項所定下列農藥：一、專供試驗研究、教育示範或緊急防治之用。
二、輸入後進行製造、加工、分裝等相關處理程序而專供輸出之用。
三、製造或加工專供輸出之用。
申請製造、加工或輸入前條第一款農藥者，應填具申請書，並檢附下列文件，向中央主管機關申請核准：一、農藥簡要理化性及毒理試驗資料。
二、試驗研究或使用計畫書；其內容應含下列事項：（一）試驗或使用目的。
（二）處理規劃或田間試驗設計。
（三）使用時期。
（四）使用方法。
三、輸入農藥者，應另檢附國外廠商報價單或足以證明向國外輸入農藥之有關文件。
四、為辦理農藥登記所需之規格檢驗、田間試驗或毒理試驗而為試驗研究者，應另檢附辦理檢驗或試驗單位同意接受委託之文件影本。
五、其他經中央主管機關指定之文件。
非農藥生產業者依前條規定申請輸入農藥原體，應委託農藥生產業者輸入。
前項受委託輸入之農藥生產業者申請輸入農藥原體時，應依本法第二十五條第二項但書規定併同向中央主管機關提出轉讓申請。
依第三條規定申請製造、加工或輸入農藥，其單項數量應依下列規定核准之。
但辦理農藥登記所需之規格檢驗、田間試驗、毒理試驗、試車或緊急防治之用，由中央主管機關按實際需要量核准：一、粉劑或粒劑成品農藥，單項不得超過十公斤。
二、粉劑或粒劑以外之其他劑型成品農藥或農藥原體者，單項不得超過二公升或二公斤。
農藥生產業者申請第二條第二款農藥者，應填具申請書，並檢附下列文件，向中央主管機關申請核准：一、農藥簡要理化性及毒理試驗資料。
二、輸入後加工或分裝而專供輸出者，應提供具有加工或分裝同一劑型設備之證明文件一份；製造農藥原體者，應提供製程說明文件。
三、國外買方訂購文件影本一份。
四、國外廠商報價單或足以證明向國外輸入農藥之有關文件。
五、受農藥販賣業者委託加工者，應另檢附農藥販賣業執照影本一份及訂購單或其他證明文件。
六、農藥有效成分為國內未核准登記者，應另檢附該農藥於美國、日本、英國、德國、澳洲、法國、加拿大、瑞士或荷蘭之商品化證明文件或歐盟評估同意使用之文件。
七、其他經中央主管機關指定之文件。
農藥生產業者申請第二條第三款農藥者，應填具申請書，並檢附下列文件，向中央主管機關申請核准：一、農藥簡要理化性及毒理試驗資料。
二、加工成品農藥者，應提供具加工同一劑型設備之農藥許可證影本一份；製造農藥原體者，應提供製程說明文件。
三、國外買方訂購文件影本一份。
四、受農藥販賣業者委託製造或加工者，應另檢送農藥販賣業執照影本一份及訂購單或其他證明文件。
五、農藥有效成分為國內未核准登記者，應另檢附該農藥於美國、日本、英國、德國、澳洲、法國、加拿大、瑞士或荷蘭之商品化證明文件或歐盟評估同意使用之文件。
但生物農藥，不在此限。
六、其他經中央主管機關指定之文件。
本辦法所定申請書應記載農藥名稱、劑型、有效成分、含量、數量、用途及製造、加工、輸入或輸出期間。
申請人所檢附文件有不全或不符規定者，中央主管機關應通知限期補正；屆期未補正或補正不完全者，不予受理。
申請特定用途農藥有下列情形之一者，不予核准：一、經中央目的事業主管機關公告禁止製造、加工或輸入之化學製品。
二、經輸入國公告禁止使用之化學製品。
三、依鹿特丹公約等國際規範須事前取得輸入國輸入許可，而未取得許可之農藥或化學製品。
四、毒性分類屬極劇毒之成品農藥。
但殺鼠劑及燻蒸劑，不在此限。
五、其他經中央主管機關公告之情形。
前項第五款規定所定情形，應刊登政府公報。
經中央主管機關核准製造、加工或輸入之特定用途農藥，申請人應於核准期限內依核准用途使用。
前項核准期限，以不超過二年為限。
期滿應重新申請。
依第六條或第七條規定提出申請並經中央主管機關核准者，農藥生產業者應於每批農藥輸出後三個月內檢附輸出憑證，報請中央主管機關備查。
經中央主管機關核准之特定用途農藥，其申請人應依實際製造、加工、輸入或輸出農藥之數量、使用或處理情形，作成紀錄，並保存至少三年，以供中央主管機關查核。