本辦法依農業金融法(以下簡稱本法)第二十八條第二項規定訂定之。
農會漁會信用部(以下併稱信用部)應建立內部控制及稽核制度，依據經中央主管機關委託之機構編訂之各項業務作業手冊，編訂作業流程，以作為操作管理及內部稽核依據。
內部控制之基本目的在於促進信用部健全經營，並應由理事、監事、總幹事、信用部主任及業務相關人員共同遵行，以達成促進營運效率、維護資產安全、確保財務及管理資訊可靠性與完整性及遵守相關法令規章之目標。
信用部應依下列各款規定建立內部控制制度：一、管理階層之監督及控制文化：理事會應負責核准並定期覆核整體經營策略與重大政策，及確保建立並維持適當有效之內部控制制度；總幹事應負責執行理事會核定之經營策略與政策，發展足以辨識、衡量、監督及控制信用部風險之程序，訂定適當之內部控制制度及監督其有效性與適切性。
二、風險辨識與評估：內部控制制度須可辨識並持續評估所有對信用部目標之達成可能產生負面影響之重大風險。
三、控制活動與職務分工：控制活動應是信用部每日整體營運之一部分，應設立完善之控制架構，及訂定各層級之內控程序；內部控制制度應有適當之職務分工，且員工不應擔任責任相互衝突之工作。
四、資訊與溝通：應保有適切完整之財務、營運及遵循資訊；資訊應具備可靠性、及時性與容易取得之特性，並以一致性之格式提供。
內部控制制度應建立有效之溝通管道。
五、監督活動與更正缺失：內部控制整體之有效性應予持續監督，營業單位、內部稽核或其他內控人員發現之內部控制缺失均應即時向適當層級報告，並應立即採取改正措施。
信用部應建立內部稽核制度及自行查核制度，以維持有效適當之內部控制制度運作。
內部稽核制度應由稽核人員負責查核各相關單位(包括信用部及各分部、電子資料處理單位及財物保管單位)，並定期評估相關單位辦理自行查核之績效。
內部稽核制度設置目的在於協助理事會、監事會及總幹事查核、評估內部控制制度是否有效運作，並適時提供改進建議，俾使內部控制得以持續有效實施。
自行查核制度應由信用業務相關單位成員相互查核業務實際執行情形，並應由各單位指派副主管或相當職級以上人員負責督導執行，以便及早發現經營缺失並適時予以改正。
農會、漁會應指定專任稽核人員辦理信用部稽核工作，其人數視業務量之多寡酌定之。
稽核人員應每半年向理事會及監事會報告稽核業務及信用部內部控制執行情形。
信用部成立未滿三年或偏遠地區之農會、漁會，其稽核人員經主管機關核准者，得兼任其他非信用部之業務。
稽核人員應具備下列條件：一、高級職業學校以上商科或相關科系畢業，並具有三年以上金融業務經驗；或至少有六年之金融業務經驗。
曾任會計師事務所查帳員或電腦公司程式設計人員或系統分析人員，經三個月以上之金融業務及管理訓練，且該訓練期間加上其原單位服務期間在三年以上者，視同符合規定。
二、最近三年無記過以上之不良紀錄。
但因同仁違規或違法事件所致之連帶處分，已功過相抵者，不在此限。
三、曾參加經中央主管機關認可之專業訓練機構所舉辦之稽核人員研習班或電腦稽核研習班，並取得結業證書。
新成立未滿三年或偏遠地區之信用部，其稽核人員未符前項所列條件者，應專案報主管機關核准。
稽核人員於任職期間，每年應參加前條第一項第三款專業訓練機構舉辦之金融相關業務專業訓練，並取得結業證書。
前項專業訓練機構應於每年底將其下一年度擬開辦訓練課程之內容、時數及師資，陳報中央主管機關同意，並將前一年度辦理訓練情形陳報中央主管機關備查。
中央主管機關得視信用部經營業務實際需要，協調前項專業訓練機構調整其訓練課程之內容、時數及師資。
稽核人員應報經主管機關核准後，始得充任。
異動時，亦同。
稽核人員，非有重大過失不得逕予解聘（任）、調職或降級。
但經全體理事三分之二以上同意者，得逕予調職。
前項理事會決議，理事如有反對或保留意見者，應於會議紀錄載明。
農會、漁會應於每年底將稽核人員之資歷及受訓資料造冊送主管機關備查。
稽核人員之職務如下：一、業務及帳務(包括電子資料及呆帳轉銷處理)之稽核。
二、資產、負債之稽核。
三、契約、單據、規章及表報之稽核。
四、庫存及保管品之盤查。
五、內部舞弊案及其他重大偶發事件之調查。
六、對金融檢查所列缺失意見改善情形及主管機關命令改正事項之追蹤查核。
七、職務交接時移交清冊之查核。
八、自行查核之規劃、監督與考核。
九、內部控制制度之研擬、評估及建議。
十、參與訂定或修正各項業務作業及管理規則。
十一、其他有關稽核事項之查核。
稽核人員應克盡專業上應有之注意義務，執行職務應採不預告方式，保持超然獨立之公正態度，對於稽核資料應加以保密。
稽核人員執行查核工作時，應運用盤點、檢視、觀察、詢問、函證、覆核、分析等方法，蒐集充分而適切之證據，俾對業務及財務狀況表示意見時有所依據。
稽核人員執行查核工作，應將所獲資料記錄於工作底稿上。
採用抽查方式辦理時，並應將抽查方式、起訖期間或帳號及檢查範圍註明於工作底稿，以明責任。
稽核人員執行稽核工作時，受檢單位之人員應密切配合並提供必要之資料，以利稽核工作之進行，且稽核人員認為必要時，得會同主管人員要求受檢人員開啟其所經管之箱櫃抽屜等接受檢查。
稽核人員執行職務，得視實際需要，簽報總幹事核准後，調用其他單位人員或同一單位非受檢業務之經辦人員協助核算有關資料金(餘)額，協助人員對於其所核算金(餘)額之正確性，應在工作底稿簽章，以示負責。
稽核人員應於每年底，依據中央主管機關有關規定與信用業務經營管理上之需要及其以往實際工作情形，擬訂次年度稽核計畫，密陳總幹事核定後據以執行。
稽核人員對信用業務相關單位每年至少應辦理一次一般查核及一次專案查核。
另對於業務有欠健全單位，每三個月至少複查一次。
必要時，主管機關得命農會、漁會辦理專案查核。
農會、漁會監事會依法執行職務，涉及信用業務時，稽核人員應協助辦理。
稽核人員執行職務應逐案作成書面報告，陳總幹事提報理事會、監事會；如有違反法令規章之缺失事項，應由理事會討論具體改善辦法，作成決議，立即執行，並由監事會監察。
稽核人員撰寫稽核報告應正確詳實，其一般查核內容至少應揭露下列項目：一、查核範圍、財務狀況、經營績效、資產品質、各項業務作業控制與內部管理、資訊管理、自行查核辦理情形及有違反法令規章之缺失事項，並加以評估。
二、營業單位對中央主管機關委託之金融監理機關或金融檢查機構、全國農業金庫、稽核人員與自行查核人員所提列檢查意見或查核缺失之改善情形。
第一項之書面報告，應由農會、漁會函報主管機關並副知全國農業金庫。
內部稽核報告及其工作底稿，應至少留存五年備查。
稽核人員應注意操守，並不得有下列情形：一、逾越稽核職務範圍以外之行為或有其他不正當情事。
二、對於所取得之資訊，對外洩漏或不法圖利或侵害信用部之利益。
三、對於以前執行之業務或與自身有利害關係案件未予迴避，而辦理該等案件或業務之稽核工作。
四、收受職員或客戶之不當招待、餽贈或其他不正當利益。
稽核人員違背職務或違反本法規定情形者，主管機關得視情節輕重，要求農會、漁會予以調職或依農會、漁會人事管理辦法有關規定議處。
稽核人員知悉內部控制重大缺失、違法違規、或其他將肇致信用部重大損失事項，應即報告總幹事、常務監事及理事長處理。
倘上述人員不處理時，應立即通報主管機關並副知中央主管機關委託之金融監理機關或金融檢查機構、全國農業金庫及中央存款保險股份有限公司。
稽核人員發現重大弊端，農會、漁會應予獎勵。
信用部發生重大缺失或弊端時，應於內部稽核報告中充分揭露對重大缺失應負責之失職人員。
為加強內部控制藉以防止弊端之發生，信用部應建立自行查核制度。
信用業務相關單位應每半年至少辦理一次一般自行查核，每月至少辦理一次專案自行查核，並由該單位主管指定非原經辦人員辦理並事先保密。
但已辦理一般自行查核或稽核人員已辦理一般查核之月份，該月得免辦理專案自行查核。
自行查核報告書經單位主管核章後，送交稽核人員陳報總幹事；如有違反法令規章之缺失事項，應提報理事會討論具體改善辦法，作成決議，立即執行，並由監事會監察。
農會、漁會應對辦理自行查核人員施以適當之查核訓練，並由稽核人員督導各單位切實執行自行查核工作。
稽核人員應於每年一月及七月底前，將前半年度之自行查核種類、次數及內容陳報主管機關備查，並副知全國農業金庫。
信用部因內部管理不善、內部控制欠佳或稽核人員對內部稽核制度未落實、查核結果有隱匿未予揭露，而肇致重大弊端時，相關人員應負失職責任。