本辦法依動物保護法（以下簡稱本法）第九條第三項規定訂定之。
本辦法適用於依本法第九條第二項公告之動物，以車、船、航空器及其他經中央主管機關指定方式之動物運送作業。
本辦法用詞，定義如下：一、動物運送：指動物自裝載、運輸途中至卸載之過程。
二、運輸工具：指用於運送動物之車、船及航空器。
三、容器：指用於裝載動物之箱、盒、籠子、載台或貨櫃。
四、運送工具：指運輸工具及容器。
五、墊料：指舖於容器上之砂、木屑、碎紙或其他可供防滑、吸震、絕緣或吸收排泄之物品。
運送人員裝卸動物應依動物特性，採取適當的裝卸措施，以避免動物遭受驚嚇、痛苦或受傷。
運送人員運送動物應依其習性提供動物得自由站立或躺臥空間，以避免動物遭受驚嚇、痛苦或受傷。
無法站立，行動癱瘓或經獸醫師判斷不宜運送之動物，如有運送必要時，應予適當區隔或分別運送。
動物於運送途中因緊急事故發生危難，運送人員應將動物移至安全處，並給予適當之處置，必要時聯繫事發所在地直轄市、（縣）市主管機關。
運送人員運送動物應依動物別、年齡、體重、懷孕、截角等狀況，於必要時加以區隔、混欄，或將個別動物加以適當固定，以避免動物間的相互騷擾、攻擊。
運送人員運送動物所使用之運送工具，應符合下列規定：一、容器應依動物特性，具備堅固之結構、裝置、隔欄及清潔之墊料。
二、容器應能防止固、液體排泄的外漏。
三、自容器外無法看到動物者，應標示「活動物」及「此面朝上方」標誌。
四、容器應能穩固放置而防止運送中的移位。
五、重覆使用者，應清潔消毒。
六、應具備防曬、防寒及通風功能。
運送人員之運送方式，應遵守下列規定：一、運送牛、羊超過十二小時，或運送豬或其他動物超過八小時者，應提供飲水。
二、運送動物超過二十四小時者，應提供食物。
三、運送動物途中應適時檢查及照料動物。
四、運送動物時，應照實、完整填列動物運送紀錄。
五、不得使用暴力或不當電擊。
動物於運送途中自運輸工具卸載至繫留場或轉運站時，至少應經五小時繫留休息後，再以清潔及新墊料之運輸工具或容器裝載及運送。
第九條第四款所定動物運送紀錄，應記載下列事項：一、運送人員姓名。
二、運送起迄地點。
三、運送起迄時間。
四、運送動物種類、數量及總運載重量。
五、有第九條第一款至第三款所定情形者，應記載運送期間餵飼、檢查及照料動物紀錄。
主管機關或動物保護檢查員依本法有關規定稽查或取締時，運送人員應出示前項所定動物運送紀錄。
除救援或特殊緊急情形外，運送之動物屬瀕臨絕種、珍貴稀有陸域保育類野生動物或海洋保育類野生動物者，其運送方式，應符合下列規定：一、於運送前分別向運送起迄之直轄市、縣（市）主管機關提出運輸規劃報請備查，其運輸規劃內容應敘明運送動物種類、數量、總運載重量、起迄時間、地點、人員姓名、運輸工具、容器、運送前準備作業、餵飼規劃、安全運送作業程序及緊急事件處理機制。
二、由原飼養人員陪同，並依其動物種類，增列畜牧技師、水產養殖技師或獸醫師共同陪同。
前項動物之運送工具，應符合下列規定：一、容器平面寬度或高度，應考量不同之運送動物種類、習性、性別、年齡與體重需求。
二、運送工具應依運送時環境，使用適當防曬、防寒及通風功能。
經中央主管機關公告之動物種類，其運送人員接受動物運送職前講習及在職講習，應符合下列規定：一、運送人員應接受主管機關辦理或其委託辦理之職前講習，並經評定合格結業，取得動物運送人員證書（以下簡稱證書，格式如附件），始得執行動物運送業務。
二、運送人員經職前講習結業並取得證書者，以證書核發日視為業務執行之起始日，每二年應接受直轄市、縣（市）主管機關辦理或其委託辦理之在職講習。
直轄市、縣（市）主管機關於辦理或其委託辦理在職講習後，應將參加講習人員清冊函送中央主管機關備查。
運送人員之動物運送職前講習時數至少二小時：其講習課程內容如下：一、動物保護相關法規。
二、動物人道運送管理相關事項。
三、其他動物福利相關事項。
運送人員於參加前項職前講習後，應進行筆試測驗，以一百分為滿分，七十分為合格，合格結業者由主管機關核發證書。
前項筆試測驗試卷，應自測驗結束日起由辦理講習之主管機關至少保存一年。
第十三條第一項證書之有效期間及管理，規定如下：一、證書有效期間為三年；依第十三條第一項第二款規定完成在職講習者，證書有效期間得續予展延二年。
二、證書因遺失、字跡或照片污損模糊無法辨識，或其登載事項有變更者，運送人員應檢具原因說明並附相關證明文件，向戶籍所在地直轄市、縣（市）主管機關申請補發或變更。
申請補發或變更證書所檢附之文件不齊備而能補正者，直轄市、縣（市）主管機關應以書面通知申請人於十五日內補正；屆期不補正或補正不完全者，不予受理其申請。
三、領有證書之運送人員因故歇業不再執行動物運送業務時，應向戶籍所在地直轄市、縣（市）主管機關繳銷證書。
於第十三條第一項公告前，運送人員已經中央主管機關辦理或其委託辦理之動物運送訓練結業並取得證書者，應於公告後六個月內由主管機關辦理證書換發。
動物之國際運送，應另依國際運輸協定及輸入國之規定辦理。