為促進種苗與畜產改良繁殖作業及發展農業生物科技，健全農業科技園區之設施及服務，特設置農業作業基金（以下簡稱本基金），並依農業科技園區設置管理條例第十條第三項及預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以行政院農業委員會（以下簡稱本會）為管理機關，下設下列三個基金，編製附屬單位預算之分預算：一、種苗改良繁殖作業基金：繁殖供應優良種子、種苗及推展改良作業。
以本會種苗改良繁殖場為管理機關。
二、畜產改良作業基金：配合畜產試驗業務，辦理畜禽及飼料作物供應與繁殖改良作業。
以本會畜產試驗所為管理機關。
三、農業生物科技園區作業基金：發展農業生物科技，健全農業科技園區之設施及服務。
以本會所設農業科技園區管理機關為管理機關。
本基金之來源如下：一、種苗改良繁殖作業基金收入。
二、畜產改良作業基金收入。
三、農業生物科技園區作業基金收入。
四、本基金之孳息收入。
五、其他有關收入。
前項第一款所定種苗改良繁殖作業基金收入，為銷售雜糧、綠肥、蔬菜、果樹、花卉等種子（苗）相關產品及受託服務收入。
第一項第二款所定畜產改良作業基金收入，為銷售畜產品、飼料作物及受託服務收入。
第一項第三款所定農業生物科技園區作業基金收入如下：一、政府循預算程序之撥款。
二、園區之管理費、服務費及相關必要費用等收入。
三、依法所為財產使用、收益等收入。
本基金之用途如下：一、種苗改良繁殖作業基金支出。
二、畜產改良作業基金支出。
三、農業生物科技園區作業基金支出。
四、管理及總務支出。
五、其他有關支出。
前項第一款所定種苗改良繁殖作業基金支出，為種子（苗）之繁殖、供應、保存業務及生產作業改良與推展支出。
第一項第二款所定畜產改良作業基金支出，為畜產繁殖改良作業之經營及推展所需支出。
第一項第三款所定農業生物科技園區作業基金支出如下：一、園區之開發、擴充、改良、維護、徵購及管理等支出。
二、園區內各項作業服務之支出。
三、其他與園區業務發展有關支出。
本會任務如下：一、本基金收支、保管及運用之審議。
二、本基金年度預算、決算之審議。
三、本基金運用執行情形之考核。
四、關於下設各基金重大業務案件之核定或核轉。
五、關於下設各基金間財務調度之核定或核轉。
六、關於下設各基金年度預算、決算之核轉。
七、關於下設各基金之監督、考核。
八、其他有關事項。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金下設各基金之資金，得於各基金間以轉撥計價方式互相調撥，其作業程序，由本會另定之。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。