本條例依行政院農業委員會組織條例第六條規定制定之。
行政院農業委員會動植物防疫檢疫局(以下簡稱本局)掌理下列事項：一、動植物防疫、檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
二、動物用藥品與動物衛生資材政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
三、獸醫公共衛生政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
四、植物防疫、檢疫人員與獸醫師管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
五、畜禽屠宰衛生檢查政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
六、屠宰場登記管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
七、動植物防疫、檢疫與畜禽屠宰管理科技之研究、發展及技術服務。
八、動植物防疫、檢疫與畜禽屠宰管理技術、程序、方法之研議、執行及督導。
九、國內、外動植物防疫、檢疫與畜禽屠宰管理之疫情報告、資訊蒐集、風險分析、諮商、糾紛處理及諮詢服務。
十、輸出入動物與畜、禽、水產品疫病之精密檢查及處理。
十一、輸出入植物與植物產品之有害生物之精密檢查及處理。
十二、動物用藥品與動物衛生資材檢驗之策劃、執行及督導。
十三、輸出入動植物與其產品檢疫證明書及畜禽屠宰衛生檢查證明文件之簽發、查核、管理及督導。
十四、動植物防疫、檢疫及畜禽屠宰管理人員之訓練。
十五、其他有關動植物防疫、檢疫及畜禽屠宰管理事項。
本局設秘書室，掌理研考、議事、公共關係、法制、文書、檔案、印信、出納、事務管理、財產管理及不屬於其他各組、室事項，並得分科辦事。
本局置局長一人，職務列簡任第十三職等，綜理業務，並指揮監督所屬員工；副局長二人，職務列簡任第十二職等，襄助業務。
本局置主任秘書一人，組長六人，職務均列簡任第十一職等；研究員三人，副組長六人，職務均列簡任第十職等；專門委員一人至二人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等；科長十六人至二十二人，職務列薦任第九職等；秘書一人至二人，技正三十三人至四十七人，視察一人至二人，職務均列薦任第八職等至第九職等，其中技正十五人，職務得列簡任第十職等；專員三人至五人，職務列薦任第七職等至第八職等；技士十七人至二十三人，科員五人至七人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技佐一人至二人，職務列委任第四職等至第五職等，其中一人，職務得列薦任第六職等；辦事員三人至五人，職務列委任第三職等至第五職等；書記一人至二人，職務列委任第一職等至第三職等。
本局設人事室，置主任一人，職務列薦任第九職等，依法辦理人事管理事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本局設會計室，置會計主任一人，職務列薦任第九職等，依法辦理歲計、會計及統計事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本局設政風室，置主任一人，職務列薦任第九職等，依法辦理政風事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本局因業務需要，得於全國重要港口、航空站及農產品主要產銷地區設置分局；其組織通則，另定之。
本局因業務需要，經行政院農業委員會同意，得設各種委員會；所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
第五條至第九條所定列有官等、職等人員，其職務所適用之職系，依公務人員任用法第八條之規定，就有關職系選用之。
本局辦事細則，由本局擬訂，報請行政院農業委員會核定發布。
本條例施行日期由行政院定之。
本條例修正條文自公布日施行。