會計檢查業務範圍規定如左：一、有關預決算之查核事項。
二、有關歲入、歲出及營業收支、營業外收支之查核事項。
三、有關懸記帳款(包括應收、應付、預收、預付、暫收、暫付及墊付款項)之查核及久懸未清帳款及查核事項。
四、有關庫存現金、銀行存款、應收票據、有價證券以及金銀外幣、保管品等之查核事項。
五、有關財產物料管理，以及呆廢器材處理之查核事項。
六、有關各類會計帳冊報表及憑證之查核事項。
七、有關資本結構、資金調度、財物狀況及經營效益之檢查分析事項。
八、各項計畫工作衡量分析事項。
九、有關員工福利實施及員工福利會收支之查核事項。
十、有關行政院、立法院及審計部對預、決算決議辦理事項或審核意見執行辦理情形之查核事項。
十一、其他有關財務會計工作應行查核事項。
會計檢查工作每年舉行一次，必要時並得為臨時性之專業檢查。
會計檢查人員由本部會計長就本部會計處或所屬機構會計人員中遴選之，於每年會計檢查業務開始前擬定人數，簽請部次長核派之。
每期會計檢查任務終了，檢查人員應繕具書面報告及有關建議改進事項，簽報部次長核閱。