交通部航港局（以下簡稱本局）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本細則。
局長綜理局務，並指揮、監督所屬人員；副局長襄助局長處理局務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本局設下列組、室、中心：一、企劃組，分三科辦事。
二、航務組，分三科辦事。
三、船舶組，分三科辦事。
四、港務組，分四科辦事。
五、船員組，分三科辦事。
六、航安組，分四科辦事。
七、秘書室，分四科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室，分二科辦事。
十一、資訊室。
十二、北部航務中心，分六科辦事。
十三、中部航務中心，分四科辦事。
十四、南部航務中心，分六科辦事。
十五、東部航務中心，分三科辦事。
企劃組掌理事項如下：一、國際組織事務之參與及研析。
二、海運相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂。
三、海運、港口、物流與商港自由貿易港區發展策略之規劃及研析。
四、國際公約之蒐集、研析、編冊、管理及國內法制化作業。
五、海運國際合作事務之研析及我國海運業者參與國際合作事務之輔導。
六、航港政策之研析及擬議。
七、海運貿易協議及談判之研析擬議。
八、派員駐境外辦事之作業及管理。
九、法令之研究、整理、編纂及諮詢。
十、其他有關企劃事項。
航務組掌理事項如下：一、航業、海商相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂。
二、水運航線之規劃、船舶之調配及航線證書之核發。
三、航業設立登記、變更登記及註銷登記、費率之備查。
四、船舶運送業聯營組織及業務之監理督導。
五、臺灣地區與香港、澳門及大陸地區航運業務之處理。
六、違反航業法規規定及消費者保護案件之處理。
七、外國船舶運送業在臺分支機構之設立登記、變更登記、註銷登記及監督管理。
八、績優航商表揚之審核。
九、航運條約或協定之處理。
十、其他有關航務事務之處理。
船舶組掌理事項如下：一、船舶相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂，船舶國際公約之認可及施行之擬議審核。
二、船舶之建（購）造、改造、修理、抵押、出售及拆解等事項之核議。
三、船舶（含小船）檢查、丈量、載重線或吃水尺度勘劃事項之業務督導。
四、船舶登記及小船註冊業務之督導。
五、船舶安全管理與查核、保全事項及保全等級之發布。
六、驗船機構之監督與管理及驗船師執業證書之核發、換發、補發。
七、船舶技術人員訓練、船舶技術規範、檢查技術標準之研訂及核議。
八、非中華民國國籍船舶申請進入非國際港灣口岸之特許。
九、水運動員準備相關事項之擬訂及執行。
十、其他有關船舶事務之處理。
港務組掌理事項如下：一、商港港埠業監理業務之督導。
二、國內商港（不包括金門縣及連江縣國內商港）之經營及管理。
三、商港服務費之收取。
四、商港自由貿易港區管理機關應辦理事項之執行及督導。
五、港口設施保全之督導。
六、港區污染防治之督導。
七、商港公有公共基礎設施之建設管理。
八、港務管理相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂。
九、各港災害防救業務之督導。
十、其他有關港務事務之處理。
船員組掌理事項如下：一、船員發展、培訓計畫之研議與相關國際公約認可之研擬及資料蒐集。
二、船員相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂。
三、船員規劃及研考業務之處理。
四、船員訓練設備購置補充之審議。
五、船員訓練機構、動力小船駕駛、遊艇駕駛及其訓練機構之管理。
六、船員各項訓練、適任性評估與航海人員測驗及發證之管理。
七、船員訓練計畫書核可之研擬。
八、水運動員之船員管理。
九、船員證件、最低安全配額、船員勞動條件及檢查之管理。
十、其他有關船員、動力小船與遊艇駕駛等事務之處理及督導。
航安組掌理事項如下：一、燈塔與助航設施之設置、維護及管理。
二、航行安全相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂。
三、航行安全策略之規劃及研擬。
四、航船布告。
五、引水業務之監督及管理。
六、海難救護業務之監督及管理。
七、打撈業務之監督及管理。
八、海事案件之處理及統計分析。
九、海事評議事項之處理及評議會議召開。
十、其他有關航安等事務之處理及督導。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、出納、財物、營繕、採購及其他事務管理。
三、本局辦公廳、宿舍等不動產之取得及管理配置。
四、本局辦公廳、宿舍新建、擴建、遷建等營繕工程之審查、協調及督導。
五、本局辦公廳、宿舍、檔案、財產、車輛管理之督導考核及工程施工查核。
六、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
七、工友（含技工、駕駛）及駐衛警之管理。
八、本局災害防救之聯繫及安全防護。
九、不屬其他各組、室、中心事項。
資訊室掌理事項如下：一、本局資訊應用服務策略規劃及協調推動。
二、本局資訊應用環境規劃及管理。
三、本局機關資通安全規劃及推動。
各航務中心掌理事項如下：一、航業監理業務之執行。
二、船員服務手冊、適任證書之核發、換發、補發作業及船員監理業務之執行。
三、船舶檢查、丈量、註冊、登記、載重線勘劃業務之執行。
四、海事案件之調查處理、打撈業務及海難救護業務之管理。
五、引水業務及引水人管理。
六、航路標誌管理及維護之執行。
七、商港公有公共基礎設施之維護及管理。
八、自由貿易港區管理機關應辦理事項之執行。
九、港區污染防治之管理。
十、其他有關航政及港政事務之執行。
本局處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
本細則自中華民國一百零一年三月一日施行。
本細則修正條文自中華民國一百零二年一月一日施行。