本辦法之受理範圍如下：一、經濟部標準檢驗局（以下簡稱標準局）外銷水產品衛生安全管理系統驗證加工廠之登錄產品及其原料。
但參展或貿易用樣品不適用本辦法關於登錄產品之規定。
二、經行政院農業委員會漁業署確認符合漁船衛生評鑑及輸入國衛生規定之漁船漁獲物。
加工廠或漁船經營業者（以下簡稱廠商）應於產品出口前填具申請書並檢附標準局指定文件，依申請作業規定向標準局或所屬轄區分局（以下簡稱檢驗機關）提出申請。
前條申請由代理人為之者，應檢附授權書及代理人證明文件；以代理為業之營利事業，得檢具授權書向檢驗機關登記備查，並憑其登記代理廠商辦理各項手續。
特約檢驗申請案件之檢驗方式，除第二條第二款漁船漁獲物採書面審查外，由檢驗機關依風險管理原則採逐批查驗、抽批查驗、逐批查核、抽批查核或書面審查。
各檢驗方式如下：一、逐批查驗：每批須經書面審查、現場查核及取樣檢驗確認符合規定。
二、抽批查驗：抽中批須經書面審查、現場查核及取樣檢驗確認符合規定。
未抽中批者，採書面審查。
三、逐批查核：每批須經書面審查及現場查核確認符合規定；必要時得取樣檢驗。
四、抽批查核：抽中批須經書面審查及現場查核確認符合規定；必要時得取樣檢驗。
未抽中批者，採書面審查。
五、書面審查：審查產品或原料符合輸入國之管理規定或要求，並確認應備文件符合規定；必要時得現場查核或查驗。
廠商一年內特約檢驗案件最近六批經取樣檢驗均符合規定者，得於申請特約檢驗時一併申請先放後驗。
經檢驗機關依前項第二款進行抽批查驗，抽中批者，於取樣檢驗結果完成前，得先發給特約檢驗證書，檢驗結果則作為後續調整風險管理原則之依據。
必要時，得將檢驗結果通知輸入國。
標準局得依輸入國規定或國內外產品衛生安全資訊調整第一項檢驗方式。
須取樣檢驗之特約檢驗申請案件，經檢驗機關依輸入國相關規定及該產品特性指定檢驗項目並取樣封識後，由廠商將樣品送檢驗機關指定之外銷水產品登錄試驗室（以下簡稱登錄試驗室）付費檢驗，廠商並得保留複驗權利；廠商保留複驗權利時，檢驗機關應再取同量備份樣品並予封識後，交由廠商妥善保管。
廠商得於提出特約檢驗申請時，檢附該批產品使用原料之特約檢驗證書，經檢驗機關審查確認具相同檢驗項目、不受製程影響且符合輸入國規定者，免除該檢驗項目。
前條登錄試驗室應符合CNS17025或ISO／IEC17025規範並取得財團法人全國認證基金會或衛生福利部之認證，其認證範圍應包含標準局特約檢驗項目。
前項特約檢驗項目，由標準局公告於網站。
特約檢驗申請案件有下列情形之一者，檢驗機關得駁回其申請：一、申請文件不符合規定，經檢驗機關書面通知補正，未於通知之次日起五日內完成補正。
二、產品或其原料未符合輸入國之管理規定或要求。
三、廠商以詐偽方法申請特約檢驗。
特約檢驗申請案件經審查符合規定者，檢驗機關應發給特約檢驗證書。
但申請先放後驗之廠商應於領證前，提供樣品已送指定登錄試驗室之相關憑據。
經查核或查驗不符合規定者，檢驗機關應發給不符規範報告，並載明不符規範項目及核判理由。
廠商對不符規範報告或先放後驗之取樣檢驗結果有疑義，經依第六條第一項保留複驗權利者，得於接到通知之次日起五日內向檢驗機關申請複驗，並以一次為限。
經檢驗機關核准後，由廠商將封識完整之備份樣品送檢驗機關指定之登錄試驗室付費檢驗。
複驗結果符合規定者，先放後驗之案件自下批次起恢復原有之風險管理原則；其餘案件，檢驗機關應發給特約檢驗證書。
複驗結果不符合規定者，除先放後驗之案件外，檢驗機關應發給不符規範報告。
廠商得檢附相關證明文件申請特約檢驗證書之加註事項、變更或分割，經檢驗機關審查屬實者得予同意。
廠商以詐偽方法取得特約檢驗證書者，檢驗機關應撤銷該證書，必要時並得通知輸入國。
檢驗機關依第八條第三款規定駁回或依前項規定撤銷時，應自駁回或撤銷之日起，依情節輕重停止受理其特約檢驗申請二個月至六個月。