本辦法依專利法（以下簡稱本法）第九十七條之四規定訂定之。
專利權人對進口之物有侵害其專利權之虞，向貨物進口地海關申請查扣，應以書面為之，並檢附下列資料：一、專利權證明文件；其為新型專利權者，並應檢附新型專利技術報告。
二、申請人之身分證明、法人證明或其他資格證明文件影本。
三、侵權分析報告及足以辨認疑似侵權物之說明，並提供疑似侵權物貨樣或照片、型錄、圖片等資料及其電子檔。
四、足供海關辨認查扣標的物之說明，例如：進口人、統一編號、報單號碼、貨名、型號、規格、可能進口日期、進口口岸或運輸工具等。
五、申請如由代理人提出者，須附委任書。
專屬被授權人在被授權範圍內得為前項之申請。
第一項申請資料須補正者，海關應即通知申請人補正，於補正前，通關程序不受影響。
查扣之申請符合前條之規定者，海關應即通知申請人提供相當於海關核估該進口物完稅價格之保證金或相當之下列擔保：一、政府發行之公債。
二、銀行定期存單。
三、信用合作社定期存單。
四、信託投資公司一年以上普通信託憑證。
五、授信機構之保證。
前項第一款至第四款之擔保，應設定質權於海關。
申請人未提供第一項保證金或相當之擔保前，海關對於疑似侵權物依進口貨物通關規定辦理。
海關於實施查扣前，得通知申請人予以協助，如申請人無正當理由不予協助致海關無法執行時，海關對於疑似侵權物依進口貨物通關規定辦理。
海關就查扣之申請，經審核符合前三條規定者，應即實施查扣，並以書面通知申請人及被查扣人。
申請人或被查扣人依本法第九十七條之一第五項規定申請檢視被查扣物者，應以書面向貨物進口地海關為之。
前項檢視，應依海關指定之時間、處所及方法為之。
海關為前項指定時，應注意不損及被查扣物機密資料之保護。
申請人於海關依第五條規定書面通知查扣之翌日起十二日內，應依本法第九十六條規定就查扣之疑似侵權物提起訴訟並通知海關。
如於實施查扣前已提起訴訟者，亦應通知海關。
前項期限，海關依本法第九十七條之二第二項規定，得視需要延長十二日。
被查扣人依本法第九十七條之一第四項請求廢止查扣時，應以書面向貨物進口地海關申請，並提供第三條第一項核估價格二倍之保證金或相當之擔保。
前項之擔保，依第三條第一項及第二項規定辦理。
有下列情形之一，申請人或被查扣人應以書面並檢附相關證明文件向貨物進口地海關申請廢止查扣：一、本法第九十七條之二第一項第二款，申請人就查扣物為侵害專利權物所提訴訟經法院裁判駁回確定者。
二、本法第九十七條之二第一項第三款，查扣物經法院確定判決，不屬侵害專利權之物者。
依本法第九十七條之二第一項規定廢止查扣者，海關應依進口貨物通關規定辦理。
前項依本法第九十七條之二第一項第五款廢止查扣者，海關得取具代表性貨樣。
申請人或被查扣人依本法第九十七條之三第三項或第四項規定，向海關申請返還保證金或擔保，應敘明其事由，有下列文件者，並應檢附之：一、法院判決書及判決確定證明書或與法院確定判決有同一效力之證明文件影本。
二、達成和解之和解書影本。
三、已定二十日以上之期間，催告他造行使權利而未行使之證明文件影本。
四、他造同意返還之證明文件影本。