本辦法依法院組織法第六十六條之四第二項規定訂定之。
各級法院及其分院檢察署（以下稱借調機關）為辦理案件，需借調國防部所屬軍法官辦理檢察事務官事務者，應層報法務部協調國防部辦理。
軍法官借調期間以二年為原則，因案件需要，經借調機關層報法務部協調國防部同意者，得延長或重行借調，其期間合計不得逾四年。
借調機關於軍法官借調期間屆滿時或認所借調之軍法官不適任或無繼續借調之必要者，應層報法務部通知國防部予以歸建。
國防部為應軍事需要，得知會借調機關後，隨時召回借調之軍法官。
軍法官借調期間之年資及待遇，依軍法官相關法令規定辦理。
軍法官借調期間之休假日數，由國防部於借調時或每年年度開始前，以書面告知借調機關；請假時，由借調機關權責長官核准。
前項以外之假別，由借調機關依權責核准。
軍法官借調期間發生獎勵或懲罰事由時，借調機關應將具體事實及獎懲建議，逕送國防部依相關獎懲規定，辦理人員獎懲作業。
軍法官借調期間之考核及出勤，由借調機關依其相關規定辦理，並於每年六月、十一月底前及軍法官歸建時，將考核及工作勤惰資料，送國防部依相關考績規定辦理考績作業。
前項考核及工作勤惰資料之格式，由國防部逕送借調機關辦理。
軍法官於借調期間請領婚、喪、休假、生育及子女教育補助等津貼時，應逕向國防部依相關規定申請。
軍法官借調期間之加班費、值勤（班）費、相驗費、出差費、獎金等，由借調機關依其相關規定並視預算經費給與之。
軍法官借調期間出國，應經借調機關同意後送請國防部依相關規定辦理。
軍法官借調期間，得由法務部或借調機關視業務需要，施予在職訓練。