本辦法依臺灣地區與大陸地區人民關係條例（以下簡稱本條例）第二十二條第三項、大學法第二十五條第三項及專科學校法第三十二條第一項規定訂定之。
本辦法所稱大陸地區學生，指大陸地區人民經許可來臺灣地區（以下簡稱來臺）就讀國內二年制專科以上學校（以下簡稱學校）修讀學位者。
大陸地區人民符合國內下列學制報考資格之一者，得依本辦法申請來臺就學：一、公私立大學校院日間學制博士班、碩士班及學士班。
二、公私立專科學校日間學制二年制副學士班。
三、公私立大學校院進修學制碩士班。
前項學制，不包括軍警校院。
大陸地區學生經入學學校以操行不及格或因刑事案件經判刑確定致遭退學者，不得再依本辦法申請入學，亦不得轉學進入其他學校就讀。
學校招收大陸地區人民之名額，採外加方式辦理，教育部（以下簡稱本部）得就學校教學資源條件、學生輔導機制、招生成效與優勢、國際及兩岸交流經驗或其他項目核定名額；全國各校外加招生總名額，不得超過本部當學年度核定招生總名額百分之二。
學校申請招生名額時，以本部當學年度核定該校相同學制班次招生名額百分之二為原則。
學校或其分校、分部設立於澎湖縣、金門縣、連江縣者，得專案申請招收大陸地區人民，不受前條第一項學制及前二項招生名額之限制。
大學法第二十五條第二項及專科學校法第三十二條第三項所定涉及國家安全、機密之院、系（科）、所及學位學程，其認定基準及相關注意事項，由本部公告之。
學校為招收大陸地區人民就學，應擬訂招生計畫，報本部核定。
學校辦理前項招生，應以聯合招生方式辦理。
但專案報本部核准者，得單獨招生。
學校依第一項規定報本部核定後，應組成聯合或單獨招生委員會，分別由各招生學校校長，或單獨招生學校之校內行政及學術主管擔任委員。
各該招生委員會應擬訂招生規定及招生簡章，報本部核定後，始得實施。
考生對招生事宜有疑義，應於一定期限內向招生委員會提出申訴，招生委員會應於一個月內作成決定，必要時應組成專案小組調查處理。
第三項招生規定，應包括招生委員會組成方式、招生、考試方式、招生名額與提報程序、考生身分認定、利益迴避、錄取原則、保證人之資格、成績複查、考生申訴處理程序及其他有關考生權利義務事項。
第三項招生簡章，除明列前項規定內容外，應包括招生院、系（科）、所與學位學程名額、報考資格、報名程序、考試項目、考試日期、評分基準、錄取方式、違規處理方式及其他相關規定。
大陸地區人民申請來臺就學，應於學校規定期間，檢附下列文件向聯合招生委員會或學校報名，經錄取者，由學校發給錄取通知：一、入學申請表。
二、最高學歷證明文件或在學證明。
三、金融機構所出具足夠在臺就學之財力證明，或大專校院、民間機構等提供全額獎助學金之證明。
四、學校所規定之其他文件。
聯合招生委員會或學校對前項第三款證明認定有疑義時，在大陸地區開具者，得要求先經大陸地區公證處公證，並經行政院設立或指定之機構或委託之民間團體驗證；在第三地區開具者，得要求先經我國駐外使領館、代表處、辦事處或其他外交部授權機構（以下簡稱駐外館處）驗證。
學校應自行或指定人員，擔任所錄取大陸地區學生之保證人，並出具保證書。
前項保證人相關事項，準用大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法第五條第四項、第六條及第七條規定辦理。
大陸地區人民經學校錄取後，申請進入臺灣地區者，應備齊下列文件，委託錄取學校代向內政部移民署（以下簡稱移民署）申請入境：一、入出境許可證申請書。
二、學校出具之錄取證明文件及保證書。
三、大陸地區居民身分證、其他證照或足資證明身分之文件影本。
四、委託學校代為辦理進入臺灣地區申請手續之委託書影本。
五、其他相關證明文件。
前項申請文件不全，得補正者，應通知申請人於接到通知之翌日起二個月內補正，屆期未補正者，駁回其申請。
大陸地區學生來臺就學經申請許可第一次進入臺灣地區者，由移民署發給單次入出境許可證，其有效期間，自核發之翌日起三個月。
大陸地區學生應於前項單次入出境許可證有效期間入境，並註冊入學。
大陸地區學生持第一項入出境許可證經許可進入臺灣地區註冊入學，停留期間自入境之翌日起，不得逾二個月，並不得延期。
大陸地區學生至遲應於入境後七日內至國內指定醫院，依中央衛生福利主管機關指定之檢查項目完成健康檢查。
本部得視突發疫情需要，要求於申請入境時，提出經大陸地區公證處公證之大陸地區醫療機構或國際旅行衛生保健中心出具之健康檢查合格證明，並於入境後送經行政院設立或指定之機構或委託之民間團體驗證。
大陸地區學生於第三項停留期間屆滿前，得檢附下列文件向移民署申請換發多次入出境許可證：一、就讀學校出具之在學證明。
二、國內指定醫院出具之健康檢查合格證明。
三、移民署所規定之其他文件。
前項多次入出境許可證之有效期間及停留期間自核發之翌日起算二年，並得視修業情況於停留期間屆滿前三個月內申請酌予延長，每次延長期間不得逾二年。
但有下列情形之一者，每次延長期間不得逾六個月：一、博士班修業已滿五年。
二、碩士班修業已滿三年。
三、學士班（不包括二年制學士班）修業已滿四年。
但其修業期限因系、院、學程性質，經依法延長者，於修業期限屆滿後。
四、二年制學士班及二年制副學士班修業已滿二年。
大陸地區學生依前項規定申請延長期間者，應備齊下列文件，向移民署申請辦理：一、延期申請書。
二、入出境許可證。
三、就讀學校出具之在學證明或公函。
四、移民署所規定之其他證明文件。
大陸地區人民申請來臺就學，或經學校錄取後申請入境，有下列情形之一者，得不予許可；已許可者，得撤銷或廢止之：一、參加暴力、恐怖組織或其活動。
二、涉有內亂罪、外患罪重大嫌疑。
三、在臺灣地區外涉嫌重大犯罪或有犯罪習慣。
四、現在大陸地區行政、軍事、黨務或其他公務機構任職。
五、曾有本條例第十八條第一項各款情形之一。
六、違反其他法令規定之情形。
有本條例第十八條第一項第一款情形者，自出境之日起算，其不予許可期間為二年至五年；有同項第二款或第三款情形者，自出境之日起算，其不予許可期間為一年至三年。
但大陸地區學生在臺就學期間有逾期停留之情形，其仍具學籍者，經依本條例第十八條第一項第二款規定令其出境後，得不受一年至三年不予許可之限制。
學校應確認大陸地區學生所持入出境許可證件有效期間及停留期間，並協助其換發證件及辦理延期。
大陸地區學生註冊入學時，應檢附下列文件：一、大陸地區學校最高學歷，或香港、澳門、外國學校最高學歷或同等學力證明文件及成績單，中、英文以外之語文，應附中文或英文譯本。
二、國內指定醫院出具之健康檢查合格證明影本。
前項第一款大陸地區學校最高學歷，應依大陸地區學歷採認辦法規定辦理採認；香港、澳門及外國學校最高學歷，應依香港澳門學歷檢覈及採認辦法、大學辦理國外學歷採認辦法規定辦理採認。
以香港、澳門或外國學校同等學力申請分發入學大學者，應依入學大學同等學力認定標準之規定辦理。
大陸地區學生在臺每學期註冊時，應檢附在學期間有效之醫療、傷害保險證明文件；其在大陸地區開具者，應經大陸地區公證處公證，並經行政院設立或指定之機構或委託之民間團體驗證；在第三地區開具者，應經駐外館處驗證。
學校應於註冊時將大陸地區學生納入學生團體保險，並依國內一般學生規定辦理。
大陸地區學生來臺時，已逾該學年第一學期修業期間三分之一者，不得入境，應於第二學期開學前，重新申請入境，始得註冊入學。
學校發現大陸地區學生有申請資格不符規定、所繳證件及資料有偽造、變造、冒用或有考試舞弊等情事者，應撤銷其入學許可；已註冊入學者，撤銷其學籍，且不發給與修業有關之任何證明文件；畢業後發現者，撤銷其畢業資格，並追繳或註銷其學位證書。
大陸地區學生之學雜費收費基準，由就讀學校依教學成本訂定。
前項學雜費收費基準之下限，由本部參考國內同級私立學校前一學年度收費及當學年度學雜費調幅定之。
中央機關及其所屬各機關（構）不得編列預算，提供大陸地區學生獎助學金。
學校不得以中央政府補助款作為大陸地區學生獎助學金。
大陸地區學生在臺就學期間，不得從事專職或兼職之工作。
違反前項規定者，應依本條例第十八條規定辦理強制出境。
大陸地區學生於申請就讀學校畢業後，得繼續申請在臺就讀下一階段學制班次；其入學方式及程序，依本辦法規定辦理。
大陸地區學生依學生逕修讀博士學位辦法規定申請逕讀博士學位者，不受第六條招生方式之限制。
大陸地區學生在臺就學期間，改以就學許可目的以外之身分在臺停留或居留者，得繼續該階段之修業，並依規定取得該學位。
大陸地區學生改以就學許可目的以外之身分在臺停留或居留者，其就學期間應遵行事項及畢業後升學方式，改依新身分相關規定辦理。
大陸地區學生有休學、退學、變更或喪失學生身分等情事，應於生效之翌日起十日內至移民署換發單次出境證，並於單次出境證效期內離境；應屆畢業學生應於畢業後一個月內換發單次出境證，並應於畢業後一個月內離境。
大陸地區學生參加轉學考試經錄取或畢業後有第十六條就讀下一階段學制班次之情形者，不受前項離境規定之限制，並應於註冊入學後，由錄取學校代向移民署辦理多次入出境許可證異動申請。
學校應將大陸地區學生註冊及異動情形，於事實發生之日起三個工作日內通報本部、行政院大陸委員會及移民署。
學校遇有前條第一項情形，應以書面通知學生依限離境，並依前項規定通報；未依限離境者，學校應負協尋責任。
大陸地區人民經由學術合作，同時在國內大學校院與本部認可名冊內所列之大陸地區高等學校或機構修讀學位，因修業或課程需要申請來臺者，其入出境及入學後相關事項，依下列規定辦理：一、入出境相關事項，準用第八條至第十二條、第十八條及前條相關規定；其入出境許可證之有效期間、停留期間及延長期間，由移民署依本部核定之修業期間核給。
二、入學後相關事項，準用第十二條至第十七條相關規定。
第六條第三項之招生委員會應就大陸地區學生就學權益、助學措施、醫療及傷害保險、生活輔導等各項資訊，編印就學服務參考手冊，並指定專責單位或人員協助其就學。
大陸地區學生入學後，學校應指定專責單位或人員負責辦理大陸地區學生住宿、課業輔導、生活管理、聯繫、通報、協尋及其他協助事項。
本部為規劃大陸地區學生來臺就學相關事宜，並審議學校所報招生計畫、招生規定、招生簡章、招生院、系（科）、所、學位學程及招生名額等事項，得召開會議討論。
前項會議成員，應包括社會公正人士、學者、專家、學校代表及機關代表。
本部得視需要邀集學者專家、相關機關代表，對學校招收大陸地區學生成效、生活輔導及學習情形辦理訪視。
學校違反本辦法或其他法令有關招收大陸地區學生之規定者，本部得視情節輕重，予以糾正、限期改善或調整其招收大陸地區學生名額。