本辦法用詞，定義如下：一、調任：指同官等職等或不同官等職等間職務之調動。
二、互調：指內勤人員與外勤人員間之調動。
三、輪調：指同為內勤人員或同為外勤人員，同官等職等間之調動。
四、調動：指前三款之調任、互調或輪調。
五、外勤人員：指辦理查緝、稽核、驗貨、抄船、押運、駐庫、駐站、駐段、機動巡查、監視及巡邏任務之人員。
六、內勤人員：指外勤人員以外之人員。
七、輪班工作：指依每日二十四小時排定數個不同班別，輪替執行各班別勤務。
關務署為配合業務需要，每年於上、下半年度，各辦理該署及所屬各關間關務人員之調動一次。
但必要時，得隨時辦理。
關務署各組室主管及各關關務長、副關務長之職期為三年，得連任一次，因業務特殊需要，經關務署署長核定，連任期限屆滿，得特准延長一年。
但必要時，得隨時調動。
關務人員除前條所列人員外，其餘各級單位主管之職期為三年，期限屆滿，因業務特殊需要，經機關首長核定，得連任一次。
但必要時，得隨時調動。
非擔任主管關務人員，在同一單位任期以不超過三年為原則，期限屆滿，因業務特殊需要，經機關首長核定，得再延長二年。
但辦理業務與人民權益密切相關者，或為應業務需要，仍得隨時調動。
前項所稱同一單位，在關務署為科；在各關為課，未設課之單位為股。
關務人員從事輪班工作除自願者外，以連續不超過五年為原則。
由輪班工作調派機關內非輪班工作者，至少一年內不再調派輪班工作。
因留職停薪致工作年資中斷者，其留職停薪前及回職復薪後之年資，同屬從事輪班或非輪班工作者，合併計算之。
輪班工作之調派，機關應視實際業務需要，並審酌同仁身體健康、家庭照顧及輪班工作經歷等因素，辦理調派作業。
依第三條規定調動之關務人員，其調入機關之工作指派比照第一項規定辦理。
關務人員有下列各款情形之一者，得經權責機關首長核定，暫緩辦理調動：一、最近一年內屆齡或命令退休或最近三個月內自願退休且已提出申請。
二、本人重症住院，或檢具醫療院所證明之個人特殊傷病。
三、家庭遭遇重大變故。
四、因業務特殊需要，且已逾延任或延長之期限。
五、擔任海關大型及行李檢查X光判讀、事後稽核；或關務署風險管理、稅則分類等人員，表現優良，且已逾延任或延長之期限。
六、其他不可抗力之事由。
關務署及各關間關務人員申請調動，其作業需視關務署或各關職缺及業務需要辦理，調動後至少應服務滿一年，始得再行申請。
但因應業務需要調動者，不在此限。
關務人員擔任資訊、海務、工程、緝毒犬培育、訓練及領犬等工作或人事、會（主）計、統計職務者，除各級人事及會（主）計、統計主辦人員應分別適用其相關法規之職期調任規定外，得不受本辦法所定職期之限制。
政風及督察單位人員，不適用本辦法之規定。
本辦法自發布日施行。
本辦法中華民國一百零九年八月十一日修正發布之條文，自一百十年一月一日施行。