本辦法依臺灣地區與大陸地區人民關係條例（以下簡稱本條例）第二十九條之一第二項規定訂定之。
本辦法用詞，定義如下：一、大陸地區船舶運送業：指依大陸地區法律設立登記之公司，經依臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法規定，從事臺灣地區與大陸地區海上客、貨直接運輸之船舶運送業者。
二、大陸地區民用航空運輸業：指依大陸地區法律設立登記之公司，經依臺灣地區與大陸地區空運直航許可管理辦法規定，從事臺灣地區與大陸地區定期航線或客、貨運包機之民用航空運輸業者。
大陸地區船舶運送業於中華民國九十七年十二月十五日以後，自臺灣地區載運客、貨進入大陸地區取得之運輸收入，營業稅稅率為零，其所得免徵營利事業所得稅。
大陸地區民用航空運輸業於中華民國九十八年六月二十五日以後，自臺灣地區載運客、貨進入大陸地區取得之運輸收入，營業稅稅率為零，其所得免徵營利事業所得稅。
大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業在臺灣地區銷售貨物或勞務，其固定營業場所或代理人應依加值型及非加值型營業稅法第四章及第五章規定，辦理稅籍登記、開立憑證、設置與登載帳簿、計算稅額及申報銷售額、應納或溢付稅額；其取得前條規定之收入，於辦理營業稅申報時，應依規定格式檢附載運國外客、貨收入清單。
大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業有臺灣地區來源所得者，應就其臺灣地區來源所得，依本條例第二十五條第三項及第四項規定課徵營利事業所得稅。
但有第三條規定之所得者，應檢附所得相關證明、目的事業主管機關核可文件及其他相關文件，事先向給付人所在地之稅捐稽徵機關申請核准免徵營利事業所得稅。
前項但書規定之所得，屬所得稅法第八十八條規定扣繳範圍之所得者，稅捐稽徵機關於核准時，應副知扣繳義務人免辦理扣繳。
第一項大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業依規定應由其在臺灣地區之固定營業場所辦理結算申報，或由其營業代理人申報納稅者，得於辦理營利事業所得稅結算申報或申報納稅時併同申請，由稅捐稽徵機關核定其免徵之營利事業所得額。
前條第一項之大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業取得第三條規定之所得，已依各類所得扣繳率標準課稅者，得由所得人或扣繳義務人自繳納稅款之日起五年內，檢附前條第一項但書規定之證明文件及扣繳憑單，向原受理扣繳申報之稅捐稽徵機關辦理退還溢繳稅款。
前條第一項之大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業取得第三條規定之所得，已依本條例第二十五條第三項規定辦理結算申報或申報納稅者，得自繳納稅款之日起五年內，檢附前條第一項但書規定之證明文件、申報書及繳款書正本，向原受理申報之稅捐稽徵機關辦理退還溢繳稅款。