國防醫學院（以下簡稱本學院）隸屬國防部，得委任國防部軍醫局辦理，並依相關教育法令規定，兼受教育部指導。
本學院依國防軍事需求，以培養國家與國軍醫療及衛生勤務等領導人才為宗旨。
本學院得依學校特性及發展方向，辦理下列層次之教育：一、基礎教育。
二、進修教育。
三、深造教育。
本學院設下列各處、室、中心，分別掌理下列事項，並得分科或組辦事：一、教務處：掌理招生、註冊、課務、教材、學籍、編裝、資訊相關業務及其他教務等事項。
二、學員生事務處：掌理心理輔導、生活輔導、衛生保健、課外活動指導、愛國教育、輔導服務、軍紀監察、軍事安全、新聞處理及公共關係等事項。
三、總務處︰掌理文書、人事、後勤、工程營建、採購招標及其他總務事項。
四、研究發展室：掌理研究發展、學術交流合作推動、委託研究計畫申請、推展專題研究、學術講座、推廣教育學分及非教育學分班等相關事項。
五、主計室︰掌理歲計、會計及統計事項。
六、資訊圖書中心︰掌理教學研究資料之蒐集及資訊服務提供等事項。
七、動物中心：掌理動物飼養、管理及提供動物實驗技術、資訊、人員訓練等事項。
本學院因教學、研究及推廣之需要，得報請國防部核定，調整或設立其他必要單位。
本學院得設教學醫院，辦理醫師與其他醫事人員訓練及繼續教育，並接受本學院學生臨床見習、實習。
本學院下設預防醫學研究所、衛勤訓練中心、通識教育中心、學系（科）、學程、研究所、體育室、學員生大隊、勤務隊。
本學院置院長一人，少將，綜理院務；副院長、教育長、政戰主任各一人，均為上校，襄助院長處理院務。
前項院長得以文職人員聘任，採任期制，就具備教授資格者任之，其任期、遴選及去職規定，由國防部定之。
本學院各學系（科)、學程各置主任一人；各單獨設立之研究所置所長一人。
前項學系（科)、學程主任、所長採任期制，就具備教授資格者遴選，若暫無符合資格之教授，得由副教授兼代，惟以一任為限。
其任期、遴選及去職規定，由國防部定之。
本學院置教師，分為教授、副教授、助理教授、講師，從事授課、研究與輔導；另為教學及研究工作需要，得置助教協助之。
本學院為適應事實需要，得依大學法之規定，設校務會議及各種會議。
本學院為適應事實需要，得依大學法之規定，設各種委員會，所需工作人員，就本規程所定編制員額內調充之。
本規程自中華民國九十五年九月一日施行。
本規程修正條文自發布日施行。