本辦法依離島建設條例（以下簡稱本條例）第九條第五項規定訂定之。
本條例第九條第四項所稱原土地所有權人，指原土地所有權人或其繼承人；所定申請依法返還，以於本條例規定之期間內，檢具有關權利證明文件，向該管地政機關申請返還土地。
本條例第九條第四項所定依金門馬祖東沙南沙地區安全及輔導條例提出請求經確定者，以於該條例第十四條之一規定之期間內，申請土地歸還案件，經審查駁回、訴願或司法裁判確定不予歸還者。
地政機關受理本條例第九條第四項規定申請返還土地之案件，其處理程序如下：一、收件。
二、計徵規費。
三、指界測量。
四、審查。
五、公告。
六、異議處理。
七、登記。
八、繕發書狀。
九、異動整理。
十、歸檔。
申請人申請土地返還登記案件，應提出下列文件：一、土地複丈申請書及登記申請書。
二、登記原因證明文件。
三、申請人身分證明。
四、其他依法令應提出之證明文件。
申請人為原所有權人之繼承人時，並應提出土地登記規則第一百十九條規定之文件。
前條第一項第二款所稱登記原因證明文件，指政府機關於戰地政務終止前，未經原土地所有權人同意而占用或逕行登記為國有前持有之契據或其他足資證明有所有權之有關文件。
指界測量時，地政機關應通知申請人及土地管理機關到場指界，埋設界標；其因指界測量所生界址糾紛，依土地法第五十九條第二項規定處理。
申請返還土地之案件，經審查結果，有土地登記規則第五十六條各款情形之一者，應通知申請人於接到通知書之日起十五日內補正；有土地登記規則第五十七條第一項各款情形之一者，應以書面敘明理由，駁回登記之申請。
申請人不服前項駁回者，得依訴願法規定提起訴願。
駁回之事由涉及私權爭執者，申請人得訴請司法機關裁判。
申請返還土地之案件，經審查證明無誤者，應公告六個月，並通知該土地管理機關，期滿無人提出異議者，由該管地政機關以發還為登記原因辦理土地所有權移轉登記。
土地管理機關或土地權利關係人於前條公告期間提出異議者，依土地法第五十九條第二項規定辦理調處。