合作社之組織系統結構包含社員、社員組織及聘任職員。
合作社之社員係合作社所有者、經營者、使用者及結餘分配者。
合作社之社員組織如下：一、社員大會或社員代表大會：由社員或社員代表組織之，係合作社決策及最高權力機關。
二、理事會：由理事組織之，係合作社之執行機關。
三、監事會：由監事組織之，係合作社之監察機關。
四、社務會：由理事、監事組織之，係合作社之協議機關。
合作社因經營業務需要，得聘任職員。
合作社應就聘任職員，訂定員額編制規定。
前項員額編制，得視業務需要置總經理、經理、副總經理或副理、主任、文書、會計、出納、助理員或其他人員等級次，並訂定各級次員額規定。
合作社應建立聘任職員人事制度，規定職員之薪給、考核、獎懲、升遷、調免、出勤、差假、教育訓練、保險、退休（職）、資遣、撫卹及其他有關事項，並應有內部人事管理規定。
合作社之聘任職員，應由理事會公開考選任用，或授權總經理或經理等主管公開遴選，提請理事會通過後任用。
前項授權，應明定於人事管理規定。
合作社依本準則訂定之組織系統、員額編制及人事管理規定，由理事會提經社員大會或社員代表大會決議通過，報請主管機關備查，修正時亦同。
合作社理事不得兼任聘任職員。
但情形特殊經主管機關同意者，不在此限。