本辦法所定替代役役男薪俸地域加給及主、副食費之發放對象，以一般替代役役男與第一階段及第二階段研發替代役、產業訓儲替代役役男為限。
一般替代役役男之薪俸依下列基準發給：一、自服役之日起至屆滿六個月之當月末日止，依義務役二等兵之薪給。
二、自服役滿六個月之次月起，依義務役一等兵之薪給。
三、管理幹部自人事命令生效之日起，依義務役下士之薪給。
辦理基礎訓練所需分隊長，依義務役下士之薪給；區隊長依義務役少尉之薪給。
研發替代役役男之薪俸依下列基準發給：一、第一階段服役期間，依義務役二等兵之薪給。
二、第二階段服役期間，具碩士學位者，依義務役下士之薪給；具博士學位者，依義務役少尉之薪給。
產業訓儲替代役役男之薪俸，除第二階段服役期間，具副學士或學士學位者，依義務役上兵之薪給發給外，準用前項規定辦理。
替代役役男之地域加給，自實際到達日起，核發至實際離開日止。
替代役役男因受訓、實習、住院或支援勤務而離開服勤單位超過三十日者，除支援勤務單位符合支領地域加給規定，改按所在地區等級月支數額支領外，自第三十一日起停支地域加給，俟返回時再按實際到達日起恢復支領。
一般替代役役男接受基礎訓練期間之主、副食費，自其前往報到日起算，核發至撥交需用機關前一日止；其薪俸核發至結訓當月月底止；驗退時，其薪俸及主、副食費核發至驗退生效之前一日止。
一般替代役役男專業訓練期間之主、副食費，自其撥交需用機關之日起算，核發至專業訓練結訓當月月底止；其薪俸核發至結訓當月月底止。
但專業訓練與基礎訓練結訓日同月時，不再重複發放當月薪俸。
一般替代役役男於服勤單位服役期間之薪俸及主、副食費，自其分發服勤單位之日起，按月發給。
但分發始月之薪俸及主、副食費，已依前項規定發給者，不再重複發放；其末月之服役日數不足一月時，以實際服役日數所占當月日數比例核給。
研發或產業訓儲替代役役男第一階段服役期間之薪俸及主、副食費，自其前往報到日起算，核發至結訓當日止；驗退時，其薪俸及主、副食費核發至驗退生效之前一日止。
研發或產業訓儲替代役役男第二階段服役期間之薪俸及主、副食費，自其分發用人單位之日起，按月發給；其始月或末月之服役日數不足一月時，以實際服役日數所占當月日數比例核給。
替代役役男薪俸、地域加給及主、副食費，由訓練、服勤或用人單位依前三條規定填製發放表冊，於當月發薪日十五日前層轉主管機關發給。
但一般替代役役男基礎訓練期間與研發或產業訓儲替代役第一階段服役期間之薪俸及主、副食費，由訓練單位依徵集令、研發或產業訓儲替代役入營通知填製發放表冊。
各需用機關依權責所發布之人事命令，應副知主管機關、訓練及服勤單位，俾憑造送相關薪俸、地域加給及主、副食費異動表冊。
研發替代役役男於第二階段服役期間，由碩士學位進階為博士學位者，由用人單位通報主管機關辦理；產業訓儲替代役役男於第二階段服役期間，學位有進階者，亦同。
替代役役男薪俸及地域加給，由主管機關協調金融機構，依訓練、服勤或用人單位造送之薪俸及地域加給發放表冊直接匯入替代役役男之金融機構帳戶。
統一辦理開伙之訓練、服勤或用人單位，替代役役男主、副食費由主管機關撥入該單位之代理公（行）庫專戶存管支用；未統一辦理開伙者，由主管機關直接匯入替代役役男之金融機構帳戶。
替代役役男未提供前項匯入之金融機構帳戶，改以匯票或支票方式寄（送）發薪俸、地域加給及主副食費者，其所需費用由替代役役男負擔。
替代役役男薪俸、地域加給及主、副食費之發放為每月一日至五日，遇發放始日為假日，得提前一日發放。
一般替代役役男於專業訓練結訓後分發或轉調之服勤單位統一辦理開伙者，專業訓練單位應自分發或轉調之日起算，將當月剩餘日數之主、副食費，撥入服勤單位之代理公庫專戶存管支用；未統一辦理開伙者，由專業訓練單位直接交付替代役役男或匯入其金融機構帳戶。
前項開伙與未開伙金額差額，由主管機關辦理撥補。
一般替代役役男接受輔導教育期間，其主、副食費由服勤單位轉交輔導教育單位支用。
替代役役男有停役或退役者，其薪俸、地域加給及主、副食費核發至核定生效日之前一日止。
但人事命令延遲送達者，核發至離職之前一日止。
服役於國外、外（離）島或高山地區者，於前項生效日後，因等候飛機、船舶或其他不可抗力而無法返回原籍地，其薪俸、地域加給及主、副食費均核發至搭乘飛機、船舶或其他交通運輸工具之當日止。
替代役役男驗退、停役或退役時，如有溢領薪俸、地域加給及主、副食費者，主管機關得委由訓練、服勤或用人單位收回該款項並向主管機關辦理繳庫。
替代役役男於停役後回役者，其薪俸、地域加給及主、副食費，自核定生效之日起發給。
替代役役男之薪俸、地域加給及主、副食費，本辦法未規定者，比照國軍義務役軍官、士官、士兵給與基準及相關規定辦理。