內政部警政署花蓮港務警察總隊（以下簡稱本總隊）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本細則。
總隊長綜理隊務，並指揮、監督所屬人員；副總隊長襄助總隊長處理隊務。
本總隊設下列科、中心、室及警察隊：一、行政科。
二、督訓科。
三、勤務指揮中心。
四、秘書室。
五、人事室。
六、主計室。
七、刑事警察隊。
八、保安警察隊。
九、和平工業專用港警察隊。
本總隊得設一中隊辦事。
行政科掌理事項如下：一、警力配置之調整、轄區劃分或變更及警察勤務之規劃實施。
二、勤前教育之規劃實施。
三、交通安全維護、管制、宣導與交通秩序整理、交通事故處理及交通統計、通報之規劃、督導。
四、警備、警衛、警戒之規劃執行及機動保安警力之調遣配備，反暴力恐怖攻擊業務之規劃、實施。
五、防情通訊及警報設施整備協調。
六、配合搶救災難之協調及警力派遣。
七、協助取締環保犯罪、妨害衛生之規劃、督導。
八、協助執行港務法令之規劃、督導。
九、涉外治安案件預防、查察及外事情報蒐集分析與協助執行外國元首、重要官員、特殊人士訪華之規劃、執行。
十、其他有關戶口、民防及行政、交通、保安警察、外事警察事項。
督訓科掌理事項如下：一、勤務督察、重點業務及警戒、警備、重大演習之督導、考核。
二、維護警風紀之規劃、督導、考核及風紀案件之查處。
三、激勵員警士氣與改善員警服務態度各項之規劃、執行、督導及考核。
四、特種勤務之協調、聯繫、執行及督導。
五、員警考核評鑑與教育輔導之規劃、督導及執行。
六、員警申訴之執行、督導及考核。
七、員工因公傷亡、殘疾慰問及急難濟助之規劃、執行。
八、警察品德教育、常年、在職訓練、新進人員職前訓練之規劃、執行、督導及考核。
九、警察人員進修、考察與專題研究、研習之規劃、遴選及審核。
十、其他有關督察及警察教育事項。
勤務指揮中心掌理事項如下：一、各種聚眾活動與治安、交通、災難事故等情資或案件之查報、狀況處置之指揮、管制及執行。
二、預警查報。
三、協助監看媒體報導有關警政重大新聞之交查、管制及回報。
四、機動警力之指揮、調度及掌握。
五、各隊組合警力運作之管制。
六、越區辦案管制、通報。
七、資訊作業管理及維護。
八、其他有關勤務指揮事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守、公文之收發、分文與文書處理之規則、解釋、考核、獎懲及分析。
二、綜合性計畫、年度施政計畫之彙編，重要方案之列管及督導考核事項；上級指示或交辦案件及其他重要業務之列管。
三、檔案管理之規劃、督導與歸檔公文之點收、分類、裝訂、典藏、檢調、清理銷毀及移交。
四、各業務單位制（訂）定、修正、解釋警政法規之審查、協調事項與警政法規宣導、座談、講習之規劃、督導及協調。
五、推行為民服務工作及警察公共關係之處理。
六、事務用品之採購與工友、水電、集會及辦公處所管理。
七、出納現金、票據、有價證券之收支及保管。
八、員警心理諮商輔導之規劃、執行及考核。
九、廳舍之整建、營繕工程督導、管理與武器、彈藥、車輛、油料、通訊裝備器材之採購、分配、管理、督導及員警服裝採購、保管、分發。
十、不屬其他單位事項。
刑事警察隊掌理事項如下：一、預防犯罪及協助偵查犯罪業務之規劃、實施。
二、槍彈、毒品犯罪之規劃、執行及督導。
三、司法警察及違反社會秩序維護法案件處理業務之規劃、實施。
四、刑事鑑識業務之規劃實施及證物之處理。
五、犯罪紀錄與刑事資訊系統之使用、維護及管理。
六、犯罪偵防、鑑識、防爆等裝備器材之管理維護與防爆業務、刑案爆裂物之管制及通報。
七、刑事警察之業務督導、教育訓練、風紀考核之實施與經濟犯罪業務之規劃、執行及督導。
八、治安情報之布置、蒐集、傳遞、運用及通訊監察之執行。
九、刑案屍體報驗。
十、其他有關刑事、經濟警察事項。
保安警察隊掌理事項如下：一、機動巡邏勤務執行、支援派遣及其他安全警衛維護。
二、警用裝備器材之使用、保管及維護。
三、其他有關保安警察勤（業）務執行事項。
和平工業專用港警察隊掌理事項如下：一、港區內安全維護。
二、協助處理違反港務法令案件。
三、警用裝備器材之使用、保管及維護。
四、其他有關本隊警察勤（業）務執行事項。
中隊掌理事項如下：一、執行本總隊所轄之治安秩序維護及協助災害危難搶救。
二、協助處理違反港務相關法令。
三、其他有關中隊警察勤（業）務執行事項。
本總隊處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。