內政部移民署（以下簡稱本署）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
署長綜理署務，並指揮、監督所屬人員；副署長襄助署長處理署務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本署設下列組、室、事務大隊：一、入出國事務組，分五科辦事。
二、移民事務組，分六科辦事。
三、國際及執法事務組，分五科辦事。
四、移民資訊組，分六科辦事。
五、秘書室，分六科辦事。
六、人事室，分三科辦事。
七、政風室，分二科辦事。
八、主計室，分三科辦事。
九、北區事務大隊，分十二隊、七服務站、二所、四十四分隊辦事。
十、中區事務大隊，分十二隊、八服務站、二所、四十二分隊辦事。
十一、南區事務大隊，分十二隊、十服務站、一所、三十九分隊辦事。
十二、國境事務大隊，分十六隊、四十二分隊辦事。
入出國事務組掌理事項如下：一、入出國政策與制度之規劃、推動及督導。
二、入出國相關法規制（訂）定、修正、解釋之研擬及執行。
三、施政計畫與重要方案之研究發展及管制考核。
四、臺灣地區人民入出國及進入大陸地區之規劃、執行；臺灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可之審理。
五、大陸地區人民、香港或澳門居民、臺灣地區無戶籍國民及外國人生物特徵資料建檔之規劃。
六、大陸地區人民、香港或澳門居民、臺灣地區無戶籍國民與外國人入國（境）停留之規劃及聯繫。
七、入出國管制之規劃及執行。
八、大陸地區人民以專業、商務事由入境許可之審理。
九、其他有關入出國事項。
移民事務組掌理事項如下：一、移民政策之規劃及推動。
二、移民政策相關法規制（訂）定、修正、解釋之研擬及執行。
三、移民輔導、服務之規劃及督導；移民人權保障之規劃、協調及執行。
四、外籍與大陸配偶家庭服務之規劃、協調及督導。
五、人口販運防制之規劃、協調及執行。
六、跨國（境）婚姻媒合管理之規劃、協調及督導。
七、大陸地區人民、香港或澳門居民、臺灣地區無戶籍國民與外國人居留、永久居留或定居之規劃及協調。
八、移民業務機構許可、管理之規劃、協調、督導及移民專業人員之訓練。
九、大陸地區人民定居、專案許可長期居留、香港或澳門居民與臺灣地區無戶籍國民定居及外國人永久居留之許可。
十、其他有關移民事項。
國際及執法事務組掌理事項如下：一、與各國入出國及移民業務之合作聯繫。
二、派駐境外業務之規劃及督導。
三、兩岸共同打擊犯罪各項勤務、業務之規劃及督導。
四、外來人口面談、訪查與查察、收容、強制出國（境）及驅逐出國（境）之規劃、督導。
五、難民相關法規制（訂）定、修正、解釋之研擬及執行；難民之認定、庇護及安置管理。
六、跨國（境）案件之處理及協調。
七、入出國（境）安全與移民資料之蒐集、統合及事證之調查。
八、機關保防與情報督察工作之規劃、宣導、協調、推動及執行。
九、重大、緊急案件之處理、勤務之指揮、管制及與有關機關之聯繫、協調。
十、其他有關國際及執法事項。
移民資訊組掌理事項如下：一、資訊應用系統之規劃、協調及推動。
二、資訊應用系統之發展及管理。
三、資通訊安全與稽核管理之規劃、推動及執行。
四、資訊教育訓練計畫之研擬、規劃及推動。
五、資訊應用環境規劃及管理。
六、與其他機關資訊之移轉與交換之規劃、協調及執行。
七、其他有關移民資訊事項。
秘書室掌理事項如下：一、會報及議事之處理。
二、文書、檔案、印信、出納、財物、營繕、採購及其他事務管理。
三、國會聯絡及媒體公關事務。
四、法令之研究、整理、編纂及諮詢。
五、國家賠償事件之處理。
六、不屬其他各組、室、事務大隊事項。
北區、中區、南區事務大隊掌理事項如下：一、臺灣地區人民入出國（境）及進入大陸地區許可之審理。
二、臺灣地區無戶籍國民之入出國（境）、停留或居留許可之審理。
三、大陸地區人民、香港或澳門居民之入出境、停留或居留許可之審理。
四、外國人之停留延期、居留或重入國許可之審理。
五、大陸地區人民定居、專案許可長期居留、香港或澳門居民與臺灣地區無戶籍國民定居及外國人永久居留之審理。
六、移民輔導之執行。
七、移民業務機構管理、聯繫、查核、督考及違法經營查處；跨國（境）婚姻媒合業務檢查及違法媒合案件查處等事項之執行。
八、外來人口訪查與查察勤務之協調、聯繫及執行。
九、國境內面談、違反入出國及移民相關法規之調查、逮捕、收容、移送、兩岸共同打擊犯罪、強制出國（境）及驅逐出國（境）勤務之督導、執行。
十、其他有關入出國（境）與移民服務、訪查、查察及收容勤務事項。
國境事務大隊掌理事項如下：一、入出國（境）證照之查驗、鑑識及許可。
二、國境線入出國安全管制及面談之執行。
三、國境線證照之核發及生物特徵資料之建檔。
四、國境線違反入出國及移民相關法規之調查、過境監護、逮捕、暫予收容、移送及遣送戒護。
五、證照鑑識及查驗之教育訓練。
六、其他有關國境事項。
本署處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。