環境保護司掌理事項如下：
一、環境影響評估之政策規劃、法規研擬、推動、執行及督導。
二、開發行為環境影響評估審查及政府政策環境影響評估意見徵詢作業。
三、環境保護許可整合管理之政策規劃、法規研擬、推動及督導。
四、環境教育政策、法規之規劃、研擬、推動、執行及督導；環境教育人員、設施場所、機構認證及管理法規之研擬。
五、環境法人與公益信託之設立、輔導及監督。
六、環境教育基金收支、保管與運用之規劃、審議、執行及督導。
七、其他有關環境保護事項。