本署設下列組、室：
一、企劃組，分四科辦事。
二、果樹及花卉產業組，分三科辦事。
三、蔬菜及種苗產業組，分三科辦事。
四、稻作產業組，分四科辦事。
五、雜糧特作組，分三科辦事。
六、農業資源組，分四科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、會計室。
十一、統計室。