本所掌理下列事項：
一、農業藥物、毒物檢驗測試技術之研究及服務。
二、農產品與農業環境中農業藥物、毒物之檢測及安全評估。
三、環境友善植物保護資材開發及應用技術之研究。
四、農業有害生物偵測及防除技術之研究。
五、農藥管理制度與法規研究及農藥登記之技術審查。
六、農藥與植物保護技術之推廣、教育及諮詢服務。
七、其他有關農業藥物、毒物與植物保護之試驗及檢測事項。