植物保護及園產品加工系掌理事項如下：
一、熱帶園藝作物特定病害病原鑑定、發病生態及綜合管理技術之研究。
二、熱帶園藝作物特定害蟲鑑定、發生生態及綜合管理技術之研究。
三、熱帶園藝作物特定病蟲害防檢疫檢測技術、非農藥防治技術及資材開發利用之研究。
四、園產品加值加工技術之研究。
五、其他有關植物保護及園產品加工試驗研究事項。