農藝系掌理事項如下：
一、農藝作物種原之蒐集、鑑定、保存、評估及開發利用。
二、農藝作物品種改良、遺傳及栽培技術之研究。
三、農藝作物品質、生理、生化、生物技術、抗逆境及安全生產體系之研究。
四、農藝作物採收後處理、加工及利用之研究。
五、其他有關農藝試驗研究事項。