本署設下列組、室：
一、企劃組，分三科辦事。
二、動物防疫組，分四科辦事。
三、植物防疫組，分三科辦事。
四、動物檢疫組，分三科辦事。
五、植物檢疫組，分三科辦事。
六、肉品檢查組，分三科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。