本分署設下列科、室、站：
一、動物健康科。
二、植物健康科。
三、肉品檢查科。
四、秘書室。
五、人事室。
六、政風室。
七、主計室。
八、高雄港檢疫站。
九、高雄機場檢疫站。
十、臺南檢疫站。
十一、金門檢疫站。
十二、屏東檢疫站。