觀音檢疫站掌理事項如下：
一、輸入動物隔離檢疫、檢查之執行及管理。
二、輸入動物隔離留檢作業程序之制定與執行。
三、輸出入動物檢疫結果判定、檢疫物之處置及銷毀。
四、其他有關執行動物隔離檢疫事項。