各分署掌理下列事項：
一、輸出入動植物檢疫之執行。
二、輸出入動植物檢疫物檢疫申請之處理與檢疫證明書相關文件之簽發及查核。
三、輸出入動植物產地檢疫、隔離檢疫及田間檢疫之執行。
四、輸出入動植物檢疫違規及申訴案件之處理。
五、動物防疫管理及違法行為查核之監督。
六、植物防疫管理及違法行為查核之監督。
七、畜禽屠宰管理及違法行為查核之監督。
八、其他有關動植物防疫、檢疫及畜禽屠宰管理事項。