動物應用系掌理事項如下：
一、實驗用豬育種、生理、遺傳資源保存及利用之研究。
二、實驗用豬營養、飼料資源開發及動物福利之研究。
三、實驗用豬飼養管理技術、省工及智慧化生產模式之研究。
四、實驗用豬廢棄物處理、資源永續利用及淨零碳排之研究。
五、實驗用豬生產供應及開發利用之研究。
六、其他有關動物應用研究事項。