動物應用系掌理事項如下：
一、豬育種、生理、遺傳資源保存及利用之研究。
二、豬營養、飼料資源開發及生產技術之研究。
三、豬飼養管理技術、省工及智慧化生產模式之研究。
四、豬廢棄物處理、資源永續利用及淨零碳排之研究。
五、豬產品加工製造、貯存及品質管理技術之研究。
六、其他有關動物應用研究事項。