有機農業研究中心掌理事項如下：
一、農藝、園藝、特用作物等有機栽培與採後處理、加工技術之研發、示範及推廣。
二、有機多元與永續循環經營模式之研發、示範及推廣。
三、有機生態環境營造技術與強化生態系統服務技術之研發、示範及推廣。
四、有機栽培病蟲草害綜合管理技術與資材之研發、示範及推廣。
五、有機農業食農教育、技術諮詢之推廣及國際交流。
六、其他有關本中心有機農業事項。